本作的故事由博望坡之战开始，终于赤壁之战。玩家可以选择的角色较前作多一个，可以同时3人同时游玩（但后来的移植版只能2人同时游玩）。

日版用描述的是三国时期博望坡之战之前的主要历史事件，汉朝400年后陷入动乱，以及董卓暴政，刘备与关张赵的联合军，七年之后曹操占据了汉朝三分之一的国土，成为魏王，开始向刘备军所驻的荆州进军。

日文版

在英文版中，不是三国的故事模式，角色的名字大多数都是以古代蒙古名人的名字来命名。故事发生在一个虚构的邪恶霸主Akkila Orkhan（原曹操）的所统治的国家Shang-lo，这个国家被Akkila Orkhan搞成了废墟与绝望之地，于是开始把目光转向邻国。而邻国的元首Kuan-ti（原刘备）胆大包天，竟敢阻挡黑色潮水一般的敌军！没有一定的底气是不会胆大包天的，底气何在？因为Kuan-ti有五名伟大的战士，Kuan-ti在这五名伟大的战士的帮助下，开始了保卫本国国土与国民的不屈不挠的斗争。

英文版

1.关羽：步行时没有拿兵器，以徒手战斗，绝技为猛虎扑。骑马时则执青龙偃月刀。

2.张飞：步行时没有拿兵器，以徒手战斗，有数种类似职业摔角的动作，绝技为暴裂拳。骑马时执丈八蛇矛。

3.赵云：步行时执剑，动作最敏捷，为唯一没有地面摔技的角色，但能空摔，绝技为升龙斩。骑马时执长枪。

4.黄忠：步行和骑马时皆执弓箭，为唯一能远距离攻击的角色，但不适合近战，绝技为沖天弓。

5.魏延：步行和骑马时皆执长刀，绝技为旋风腿。

角色名称对照表

英文版人名的所对应的古代人物

Portor：拔都·赛因汗，朮赤的次子，成吉思汗的孙子。西征攻陷莫斯科后屠城，后击溃德意志联军，匈牙利王军，建立金帐汗国。

Kassar，哈撒尔，也速该次子，成吉思汗二弟。帅帐卫队长。

Subutai：速不台，是成吉思汗手下四先锋之一。击破花刺子模，击败斡罗思、钦察联军和不里阿耳军，灭金，后灭钦察，至布达佩斯。

Kadan：卡丹汗，是窝阔台的儿子，成吉思汗的孙子。西征攻占波兰、立陶宛、Silesia（今捷克）。

Abaka：阿八哈汗，旭烈兀汗的儿子，拖雷的孙子，成吉思汗的曾孙。入侵叙利亚及埃及，单被当时埃及苏丹的马木鲁克卫队击败（帝国时代2萨拉讯的特殊兵种）

1.博望坡之战　一：敌方大将为李典，执长枪，能飞踢。

2.博望坡之战　二：敌方大将为夏侯惇，骑马时执长柄大刀，步行时则无。两种状态都能以炸弹攻击。步行时还会喷火与飞天重压。

3.新野城：敌方大将为许褚，执大铁槌。会车轮冲撞及飞天重压。

插曲：敌方大将为虚构人物美美、美冴、美铃3名女刺客。会中国功夫及飞刀。（附注：在赤壁之战 二关卡会出现王、黄、紫的女敌方，和美美、美冴、美铃是不同色和不同名）

4.白河：敌方大将为曹仁，执长剑及大型流星锤。

5.长坂坡之战：敌方大将为淳于导。执长柄双月刀。

6.长坂桥：敌方大将为晏明与副将夏侯杰。晏明执长柄大刀，夏侯杰执长枪。晏明的攻击能发出冲击波，而且还会车轮冲撞。

7.赤壁之战　一：敌方大将为张辽，执狼牙棒及盾，会飞天重压及飞刀。

8.赤壁之战　二：敌方大将为徐晃，执大斧。（附注：该关卡中段会出现偃、华、何的女敌方）

9.华容道：敌方大将为吕布，执斩马剑，还能长鞭攻击。(附注：吕布登场同时会带星、菊、朱的女刺客，和美美一行同样是不同色和不同名)

总Boss战：敌方大将为曹操，以炸弹攻击。战斗时间仅15秒，15秒后曹操会逃走。开战前可以选择“释放”，让曹操逃跑（但是世界版、美版游戏不能释放）。打倒、逃走和释放的结局画面不同，打倒为统一全国，释放为三国鼎立，若曹操逃走则显示五主角最终战死，曹操一统天下。