台南市政府是台湾台南市的最高行政机关，在台湾政府架构中属于直辖市政府位阶，直隶于行政院管辖。台南市政府的组织架构，最早可追朔至日据时代，于1920年9月台南设市时所成立的“台南市役所”，隶属于台南州。2010年12月25日，原台湾台南市和台湾省台南县合併升格改制为直辖市，成立新的市政府，其位阶和台湾省政府平级。