南通支云足球俱乐部的前身广西龙桂达足球俱乐部是一家位于广西南宁的业余足球俱乐部，由广西龙桂达房地产投资有限公司出资、以首届广西足球超级联赛冠军南宁市润华足球俱乐部的球员为班底组建。

2014年，广西龙桂达足球俱乐部以广西足球超级联赛冠军的身份参加了在柳州举行的2014年中国足球协会业余联赛南区决赛，获得了季军。同年11月底，在安徽进行的2014年中国足球协会业余联赛总决赛上，广西龙桂达获得第4名，顺利获得2015年足协杯参赛资格。12月17日，球队正式注册为广西龙桂达足球俱乐部股份有限公司，参加2015年中国足球协会乙级联赛。

2015年年底，南通支云足球俱乐部收购了广西龙桂达足球俱乐部及中乙资格。

2016年1月，南通首支职业足球队——南通支云足球俱乐部成立。球队从队徽、队名、队歌的徵集、设计到确立成型都由南通市民参与，是真正意义上南通人自己的足球俱乐部。1月1日，球队决定聘请魏新担任南通支云俱乐部主教练，率领球队征战2016年全国足球乙级联赛。助理教练是原四川绵阳队教练贾劲，黄云峰、蒋智勇分别担任体能教练、守门员教练员。1月29日，南通支云足球俱乐部宣布“中超金哨”李俊担任俱乐部总经理一职。3月份南通支云俱乐部职业足球元年的誓师大会上，公布了“战狼出征，荣耀江海；狼啸江东，唯有支云”的豪迈口号，同时也确立了“三年沖甲，五年沖超”的目标。6月24日，南通支云官方宣布原重庆力帆队长吴鹏、前上海上港球员毛嘉康永久转会球队。

2016赛季，南通支云作为一支“菜鸟”球队，最终在赛季末名列第16名。

2017年2月13日，南通支云官方宣布正式任命托米·斯蒂皮奇为俱乐部主帅。4月17日，南通支云宣布托米·斯蒂皮奇辞去南通支云主教练职务。

2017赛季，球队成绩就有了“质”的飞越，他们在联赛第一阶段最终名列南区第四，打进了当年的中乙联赛8强，最终获得了第8名的成绩。

2018赛季，是向“三年沖甲”目标迈进的关键一年。支云俱乐部更是一口气引进了包括根宝青训出品的朱峥嵘、曾登上过亚冠赛场的刘伟、河海大学踢出来的大学生球员宋岳等7名新援，沖甲的决心可见。

2018年10月27日，2018中乙联赛展开半决赛次回合较量。南通支云客场1-0小胜陕西大秦之水，总比分2-0获胜。南通支云以南区第2名的身份闯入决赛阶段。在1/4决赛中，南通支云总比分1-0淘汰瀋阳城市建设晋级4强。半决赛首回合，南通支云主场1-0小胜陕西大秦之水。两回合总比分2-0获胜晋级中甲。随着南通支云沖甲成功，南通迎来历史上首支中甲球队。

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“支云”二字，来自南通的地标性建筑支云塔，它坐落于南通最富盛名的狼山顶峰，是当之无愧的“通城之巅”。球队以“支云”之名，既表达了想要打造百年俱乐部，成为南通新标誌的决心，又表达了这股新兴力量想要直插云霄，屹立于中国足球之林的雄心。

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