概述
全基因组鸟枪法测序是在获得一定的遗传及物理图谱信息的基础上，绕过bac克隆逐个排序的过程，将基因组DNA分解成2kb左右的小片段进行随机测序，辅以一定数量的10kb的克隆和bac克隆的末端测序，利用超级计算机进行整合进行序列组装的测序过程。
原理
对某基因组文库全部克隆片段进行末端序列测定中未测到的硷基数，即缺口（gap），与已测定的总硷基数相关。随着已测定硷基数的增加，缺口的总硷基数目会按照泊松公式的一个推论（P=e-m）迅速减小。其中P为基因组中某个硷基未被测定的机率，m为所测定的硷基数与基因组大小相比的倍数。m越大P值越小。当m=5（即随机测定的硷基数达到基因组的5倍）时，基因组中未测定的硷基数为总硷基数的0.67%（e-5=0.0067）。
对流感嗜血桿菌基因组（1.83Mb）来说，可能留有128个平均长为100bp的缺口。
具体过程
1.利用非特异DNA酶随机切断DNA，建立高度随机，大小为1kb~2kb的基因文库；
2.进行高效，大规模的单末端测序和双末端测序；
3.对测序结果进行序列拼接并排除连锁匹配的错误；
4.构建λ文库进行缺口填补，得到完整基因序列。
缺点
随着所测基因组总量增大，所需测序的片段大量增加，各个片段重叠成一个连续体的机率是2n~2n2。
改进
- 大片段克隆法（clone contig）。首先用稀有内切酶把待测基因组降解为数百kb以上的片段，再分别测序。
- 靶标鸟枪法（directed shotgun）。首先根据染色体上已知基因和标记的位置来确定部分DNA片段的相对位置，再逐步缩小各片段之间的缺口。
