1、名称来历不同：正黄旗以旗色纯黄而得名；镶黄旗因旗色为黄色镶红边而得名。

2、地位不同：虽然正黄旗与镶来黄旗都属于上三旗源，但镶黄旗是上三旗之首。

3、建立时间不同：正黄旗建于明万历二十九年，镶黄旗建于明万历四十三年(公元1615年)。