微生物分类学(microbial taxonomy)，是研究微生物分类理论和技术方法的学科。

• 中文名称 微生物分类学
• 外文名称 microbial taxonomy
• 定义 研究微生物的鉴定、分类和命名
• 学科类型 微生物学分支学科

学科定义

　　研究微生物的鉴定、分类和命名的微生物学分支学科。

综述

　　细菌分类系统----Bergey's Manual

　　Bergey's Manual of Determinative Bacteriology

　　1923年宾夕法尼亚大学的细菌学教授David Bergy和四个同事发表了细菌分类法,至1994年,发行了第9版. 从1974年的第8版开始,已经成为世界通用的"官方的分类"。(如1974年第八版，撰稿人多达130多位，涉及15个国家;现行版本撰稿人多达300多人，涉及近20个国家)

　　Bergey's Manual of Systematic Bacteriology

　　1984-1989年分4卷出版第一版(给出的系统基本上是表型性的)，正在分5卷出版该手册的第二版(rRNA,DNA和蛋白质，系统发育)。

　　伯杰氏系统细菌学手册第一版分类大纲p326

　　伯杰氏系统细菌学手册第二版分类大纲 p327

　　从1984年伯杰氏系统细菌学手册第一版开始发行以来，细菌分类已取得了巨大进展，新命名的种成倍增加、新描述的属也在170个以上，尤其是80年代末以来，rRNA、DNA、蛋白质序列分析方法日趋实用，因而为细菌的系统发育积累了不少新的资料。

　　伯杰氏系统细菌学手册第二版中更多地采用了核酸序列资料对分类群进行新的调整，无疑这是细菌系统发育分类的重大进展.

　　细菌的属名和种名都是按命名规则而定

　　是在细菌的鉴别和分类中，对其细胞结构或是生理、生化特性进行观察和测定并不太困难的，多利用下列方法:

　　在各种培养基上的生长状况;对碳水化合物和蛋白质的利用和分解情况;在DNA中的鸟嘌呤、胞嘧啶的克分子量的百分比;有时还根据血清学的试验结果等。细菌的属名和种名都是按命名规则而定的，但认为把全部细菌都按一个分类体系来定名不太合理的意见，愈来愈显得有说服力。

　　(1)已往在应用上广为依据的伯杰氏分类手册第7版(1957年)中，在原生植物门中设置了包括裂殖菌纲、病毒和立克次氏体类的最小生物纲，并将裂殖菌纲分成10目:(i)假单胞菌目;(ii)鞘杆菌目;(iii)生丝微菌目;(iv)真杆菌目;(v)放线菌目;(vi)核衣细菌目;(vii)贝日阿托氏菌目;(viii)粘球菌目;(ix)螺旋体目;(x)枝原体目。

　　(2)在该书第8版(1974年)中虽分作原核生物界的细菌门，但由于加强了该书的便览性质，因而在其以下等级不再细分，只把全体分作19个部门，在各部门中，只在可能的情况下才把属编成科和目。

　　(3)所谓细菌类，和其它的真核菌都是构成不同于植物界的另一个菌界(Mycota)，从这样的见解来看，作为原核菌类可放在亚界的位置上。然后，再像真核菌类的分类那样，把原核菌类大致区分作枝原体类、细菌类、粘细菌类、螺旋体类和放线菌类5个门。其详细区分可应用伯杰氏分类法，在其中间不包括病毒类。

　　中国国家图书馆分类法

　　Q939-6参考工具书

　　Q939.1细菌纲

　　Q939.2螺旋体

　　Q939.3立克次体

　　Q939.4病毒(滤过性病毒)

　　[Q939.5]真菌

常用术语

　　中文译名 推荐使用的名称 以前使用的同义词 应用于只有下列性状的菌株

　　生物型 biovar biotype 特殊的生理生化性状

　　血清型serovar serotype 不同的抗原特征

　　致病型pathovar pathotype 对宿主致病性的差异

　　噬菌型phagovar phagotype lysotype 对噬菌体溶解反应的差异

　　形态型morphovar morphotype 特殊的形态学特征