微生物的分类依据:形态特征、生理生化特征、生态习性、血清学反应、噬菌反应、细胞壁成分、红外吸收光谱、GC含量、DNA杂合率、核糖体核糖酸(rRNA )相关度、rRNA的碱基顺序。

• 中文名称 微生物分类
• 分类依据 形态特征，生理生化特征等
• 相关学科 微生物学
• 两大系统 原核微生物和真核微生物

分类依据

　　形态特征

　　(1)个体形态 镜检细胞形状、大小、排列，革兰氏染色反应，运动性，鞭毛位置、数目，芽孢有无、形状和部位，荚膜，细胞内含物;放线菌和真菌的菌丝结构，孢子丝、孢子囊或孢子穗的形状和结构，孢子的形状、大小、颜色及表面特征等。

　　培养特征

　　1)在固体培养基平板上的菌落(colony)和斜面上的菌苔(lawn)性状(形状、光泽、透明度、颜色、质地等);

　　2)在半固体培养基中穿刺接种培养的生长情况;

　　3)在液体培养基中混浊程度，液面有无菌膜、菌环，管底有无絮状沉淀，培养液颜色等。

　　生理生化特征

　　(1)能量代谢 利用光能还是化学能;

　　(2)对氧气的要求 专性好氧、微需氧、兼性厌氧及专性厌氧等;

　　(2)营养和代谢特性 所需碳源、氮源的种类，有无特殊营养需要，存在的酶的种类等。

　　生态习性

　　生长温度，酸碱度，嗜盐性，致病性，寄生、共生关系等。

　　血清学反应

　　用已知菌种、型或菌株制成抗血清，然后根据它们与待鉴定微生物是否发生特异性的血清学反应，来确定未知菌种、型或菌株。

　　噬菌反应

　　菌体的寄生有专一性，在有敏感菌的平板上产生噬菌斑，斑的形状和大小可作为鉴定的依据;在液体培养中，噬菌体的侵染液由混浊变为澄清。噬菌体寄生的专业性有差别，寄生范围广的谓多价噬菌体，能侵染同一属的多种细菌;单价噬菌体只侵染同一种的细菌;极端专业化的噬菌体甚至只对同一种菌的某一菌株有侵染力，故可寻找适当专化的噬菌体作为鉴定各种细菌的生物试剂。

　　细胞壁成分

　　革兰氏阳性细菌的细胞壁含肽聚糖多，脂类少。革兰阴性细菌与之相反。链霉菌属(Streptomyces)的细胞壁含丙氨酸、谷氨酸、甘氨酸和2，6-氨基庚二酸，而含有阿拉伯糖是诺卡氏菌属(Nocardia)的特征。霉菌细胞壁则主要含几丁质。

　　红外吸收光谱

　　利用红外吸收谱技术测定微生物细胞的化学成分，了解微生物的化学性质，作为分类依据之一。

　　GC含量

　　生物遗传的物质基础是核酸，核酸组成上的异同反映生物之间的亲缘关系。就一种生物的DNA来说，它的碱基排列顺序是固定的。测定四种碱基中鸟嘌呤(G)和胞密啶(C)所占的摩尔百分比，就可了解各种微生物DNA分子不同源性程度。亲缘关系接近的微生物，它们的G+G含量相同或近似的两种微生物，不一定紧密相关，因为它们的DNA的四个碱基的排列顺序不一定相同。

　　DNA杂合率

　　要判断微生物之间的亲缘关系，须比较它们的DNA的碱基顺序，最常用的方法是DNA杂合法。其基本原理是DNA解链的可逆性和碱基配对的专一性。提取DNA并使之解链，再使互补的碱基重新配对结合成双链。根据能生成双链的情况，可测知杂合率。杂合率越高，表示两个DNA之间碱基顺序的相似越高，它们间的亲缘关系也就越近。

　　核糖体核糖酸(rRNA )相关度

　　在DNA相关度低的菌株之间，rRNA同源性能显示它们的亲缘关系。Rrna-DNA分子杂交试验可测定Rrna的相关度，揭示Rrna 的同源性。

　　rRNA的碱基顺序

　　RNA的碱基顺序由DNA转录来的，故完全具有相对应的关系。提取并分离细菌内标记的16SrRNA,以核糖核酸消化，可获得各种寡核苷酸，测定这些寡核苷酸上的碱基顺序，可作为细菌分类学的一种标记。

　　核糖体蛋白的组成分析

　　分离被测细菌的30S和50S核糖体蛋白亚单位，比较其中所含核糖体蛋白的种类及其含量，可将被鉴定的菌株分为若干类群，并绘制系统发生图。

分类系统

　　这里仅简述原核微生物和真核微生物的分纲体系。

　　原核生物界(Procaryotae)

　　(1) 光能营养原核生物门

　　Ⅰ 蓝绿光合细菌纲(蓝细菌类)

　　Ⅱ 红色光合细菌纲

　　Ⅲ 绿色光合细菌纲

　　(2)化能营养原核生物门

　　Ⅰ 细菌纲

　　Ⅱ 立克次氏体纲

　　Ⅲ 柔膜体纲

　　Ⅳ 古细菌纲

　　真核微生物(Eucaryotic microbes)

　　真核微生物主要包括各类真菌，还有粘菌等。

　　真菌划分各能分类单位的基本原则是以形态特征为主，生理生化、细胞化学和生态等特征为辅。丝状真菌主要根据其孢子产生的方法和孢子本身的特征，以及培养特征来划分各级的分类单位。一些病原真菌的鉴定，寄生和症状也可作为参考依据。真菌可分以下四纲:

　　Ⅰ 藻状菌纲 菌丝体无分隔，含多个核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。

　　Ⅱ 子囊菌纲 菌丝体有分隔，有性阶段形成子囊孢子。

　　Ⅲ 担子菌纲 菌丝体有分隔，有性阶段形成担孢子。

　　Ⅳ 半知菌纲 包括一切只发现无性世代未发现有性阶段的真菌。

　　粘菌也可分为四纲，即

　　Ⅰ 网粘菌纲 自细胞两端各自伸出长的粘丝并接连形成粘质的网络--假原质团。

　　Ⅱ 集胞粘菌纲 分泌集胞粘菌素，形成假原质团。

　　Ⅲ 粘菌纲 形成原质团，腐生性自由生活。

　　Ⅳ 根肿病菌纲 形成原质团，专性寄生。亦有将之归于真菌类。