引物设计是一小段单链DNA或RNA，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。

• 中文名称 引物设计
• 外文名称 primer design
• 用途 PCR扩增
• 所属学科 生物学
• 释义 一小段单链DNA或RNA

简介

　　引物设计 是一小段单链DNA或RNA，作为DNA复制的起始点，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链，在引物的3′-OH上，核苷酸以二酯链形式进行合成，因此引物的3′-OH，必须是游离的。

原则

　　1、长度:15-30bp，其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38，否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度)，从而降低产物的特异性。

　　2、G十C含量:应在40%一60%之间，PCR扩增中的复性温度一般较Tm值低等于引物的Tm值减去5-10度。引物长度小于20时，其Tm恒等于4×(G十C)十2×(A十T)。

　　3、碱基分布的随机性:应避免连续出现4个以上的单一碱基。尤其是不应在其3'端出现超过3个的连续G或C，否则会使引物在G十C富集序列区错误引发。

　　4、引物自身:不能含有自身互补序列，否则会形成发夹样二级结构。

　　5、引物之间:两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3'端的互补重叠。

　　6、上下游引物的互补性:一个引物的3'末端序列不允许结合到另一个引物的任何位点上。

　　7、3'末端:如果可能的话，每个引物的3'末端碱基应为G或C。

　　8、引物应当超出限制性内切酶识别位点至少3个核苷酸。