它是通过寻找各种因素引起的蛋白质表达差异，以解释细胞生理和病理机制，即主要通过比较分析不同状态下或近似物种间蛋白质的表达图谱，实现对体系内代谢调控的动态监测，从而揭示机体对内外界环境变化产生反应的本质规律。