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保护碱基

2022-06-29 06:38:21 百科资料

限制性内切酶识别特定的DNA序列，除此之外，酶蛋白还要占据识别位点两边的若干个碱基，这些碱基对内切酶稳定的结合到DNA双链并发挥切割DNA作用是有很大影响的，被称为保护碱基。

中文名称保护碱基
因素1 碱基数目
因素2 碱基种类
关心项目保护碱基的数目

原理

　　在分子克隆实验中，有时我们会在待扩增的目的基因片段两端加上特定的酶切位点，用于后续的酶切和连接反应。由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开，因此在设计PCR引物时，人为的在酶切位点序列的5'端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高将来酶切时的活性。

　　其次，在分子克隆实验中选择载体的酶切位点时，相邻的两个酶切位点往往不能同时使用，因为一个位点切割后留下的碱基过少以至于影响旁边的酶切位点切割。

添加原则

　　添加保护碱基，需要考虑两个因素:一是碱基数目，一是碱基种类。

　　添加保护碱基时，最关心的应该是保护碱基的数目，而不是种类。什么样的酶切位点，添加几个保护碱基，是有数据可以参考的，见附表。

　　添加什么保护碱基，如果严格点，是根据两条引物的Tm值和各引物的碱基分布及GC含量。如果某条引物Tm值偏小，GC%较低，添加时多加G或C，反之亦反。

附表

　　Fermentas提供的保护碱基数目和酶切活性对应值表

　　注:酶切活性值出现空格时参考前一格。

内切酶	碱基数目和酶切活性(%)
	1	2	3	4	5
AarI	20-50		50-100
AasI	50-100
AatII	0	0-20	20-50	50-100
Acc65I	0-20	50-100
AdeI	50-100
AjiI	50-100
AluI	0-20	20-50	50-100
Alw21I	50-100
Alw26I	50-100
Alw44I	0	20-50	50-100
ApaI	50-100
BamHI	50-100
BauI	0-20	20-50	50-100
BcnI	20-50		50-100
BclI	0	50-100
BcuI	50-100
BfiI	50-100
BfmI	50-100
BfuI	50-100
BglI	20-50	50-100
BglII	0	50-100
Bme1390I	20-50		50-100
BoxI	0	50-100
BpiI	50-100
Bpu10I	20-50	50-100
Bpu1102I	50-100
BseDI	0	50-100
BseGI	50-100
BseJI	0	50-100
BseLI	0	50-100
BseMI	0-20	50-100
BseMII	50-100
BseNI	0	50-100
BseSI	50-100
BseXI	20-50	50-100
Bsh1236I	50-100
Bsh1285I	0-20	50-100
BshNI	50-100
BshTI	20-50	50-100
Bsp68I	0	50-100
Bsp119I	50-100
Bsp120I	20-50	50-100
Bsp143I	50-100
Bsp1407I	20-50	50-100
BspLI	50-100
BspPI	0	50-100
BspTI	0	0-20	50-100
Bst1107I	0-20	50-100
BstXI	0		50-100
Bsu15I	50-100
BsuRI	0-20	20-50	50-100
BveI	0-20		50-100
CaiI	0	0-20	50-100
CfrI	0	50-100
Cfr9I	20-50	50-100
Cfr10I	20-50	50-100
Cfr13I	50-100
Cfr42I	50-100
CpoI	50-100
CseI	50-100
Csp6I	50-100
DpnI	50-100
DraI	0	0-20	50-100
Eam1104I	0	50-100
Eam1105I	0	50-100
Ecl136II	50-100
Eco24I	50-100
Eco31I	20-50		50-100
Eco32I	20-50	50-100
Eco47I	50-100
Eco47III	0	0-20	50-100
Eco52I	0-20	50-100
Eco57I	50-100
Eco57MI	50-100
Eco72I	0-20	50-100
Eco81I	50-100
Eco88I	50-100
Eco91I	20-50	50-100
Eco105I	20-50	50-100
Eco130I	0		50-100
Eco147I	0	50-100
EcoO109I	50-100
EcoRI	50-100
EcoRII	0	0-20	20-50	50-100
EheI	20-50		50-100
Esp3I	50-100
FaqI	0-20	50-100
FspAI	0-20	20-50	50-100
FspBI	20-50	50-100
GsuI	50-100
HhaI	50-100
Hin1I	50-100
Hin1II	0	0-20	50-100
Hin6I	0		0-20	50-100
HincII	50-100
HindIII	0	0-20	50-100
HinfI	50-100
HpaII	0-20	50-100
HphI	0	50-100
Hpy8I	0-20	50-100
HpyF3I	20-50	50-100
HpyF10VI	50-100
KpnI	50-100
Kpn2I	0	50-100
KspAI	20-50	50-100
LguI	50-100
LweI	20-50	50-100
MbiI	0	0-20	50-100
MboI	50-100
MboII	50-100
MlsI	0-20	50-100
MluI	20-50		50-100
MnlI	0	50-100
Mph1103I	20-50	50-100
MspI	0-20	50-100
MssI	20-50	50-100
MunI	20-50	50-100
MvaI	0	20-50	50-100
Mva1269I	0	50-100
NcoI	0	50-100
NdeI*	0-20	20-50	50-100
NheI	0	20-50		50-100
NmuCI	20-50	50-100
NotI	20-50	50-100
NsbI	0	0-20	50-100
OliI	0-20	20-50	50-100
PaeI	0	0-20		20-50	50-100
PagI	20-50	50-100
PasI	50-100
PauI	0	50-100
PdiI	0-20	50-100
PdmI	50-100
PfeI	50-100
Pfl23II	0-20	20-50	50-100
PfoI	0	20-50	50-100
Ppu21I	50-100
PscI	0	50-100
Psp5II	0	50-100
Psp1406I	0-20	50-100
PsuI	0-20	50-100
PstI	0-20	50-100
PsyI	0	50-100
PvuI	20-50		50-100
PvuII	50-100
RsaI	50-100
SacI	50-100
SalI	20-50		50-100
SatI	0	50-100
ScaI	0-20	50-100
SchI	50-100
SdaI	0-20	50-100
SduI	50-100
SfiI	50-100
SgsI	50-100
SmaI	50-100
SmiI	0-20	50-100
SmoI	0	50-100
SmuI	50-100
SsiI	50-100
SspI	0-20	50-100
TaaI	20-50	50-100
TaiI	50-100
TaqI	0	20-50		50-100
TasI	0	20-50	50-100
TatI	0-20		20-50	50-100
TauI	20-50	50-100
Tru1I	0	0-20		50-100
TsoI	20-50	50-100
Van91I	0	50-100
VspI	50-100
XagI	20-50	50-100
XapI	20-50		50-100
XbaI	20-50	50-100
XceI	0	50-100
XhoI	0-20	50-100
XmaJI	50-100
XmiI	50-100
I-SceI	50-100

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