根据中共北京市委、北京市人民政府批准的《北京市顺义区人民政府机构改革方案》和《中共北京市顺义区委、北京市顺义区人民政府关于机构改革的实施意见》（京顺发〔2009〕33号），设立北京市顺义区农业局（简称区农业局），挂北京市顺义区动物卫生监督管理局牌子（简称区动物卫生监督局）。区农业局（区动物卫生监督局）是负责本区农业行业监督管理的区政府工作部门。

根据上述职责，北京市顺义区农业局设7个内设机构。
（一）北京市顺义区农业局办公室。
负责组织、宣传、统战、纪检监察、老干部、工青妇工作；负责人事劳资、财务、督查、文秘、档案、信访、外事、信息公开、安全保卫、计画生育、后勤保障等工作。
（二）北京市顺义区农业局农业行业管理科。
负责种植业、水产业、农业机械管理工作，组织拟订发展规划、年度计画以及基本建设重大项目规划，并指导实施；负责主要农产品市场供应信息和价格信息的採集分析；组织农村可再生能源的开发利用与生态农业、循环农业建设工作；指导农业环境、渔业水域生态环境、农田质量和农业生物物种资源保护工作，保护和合理开发渔业资源，指导渔业资源增殖，负责水生野生动植物保护工作。
（三）北京市顺义区农业局农产品质量安全科。
负责农业检验检测体系建设、农产品质量安全监测和标準化管理工作；负责农业环境保护和绿色食品标誌管理工作；组织生态农业实验点建设和生态农业技术推广及宣传工作；负责农产品配送中心和农产品行销工作；负责特需农产品供应的组织、协调和监督管理工作；指导农业生态环境监测管理工作。

（四）北京市顺义区农业局法制科。
宣传贯彻农业法律法规和规章政策；对本部门制定的规範性档案进行合法性审核；协调指导农业系统行政执法工作；负责植物防疫检疫、渔政、农机、农资市场的监督管理工作。
（五）北京市顺义区农业局动物疫病防控科。
拟订动物疫病防治规划和计画，并组织实施；组织拟订、启动实施重大动物疫情相关应急预案，负责动物疫病防治的宣传教育和培训工作；承担防治重大动物疫病、疫情相关应急工作。
（六）北京市顺义区农业局畜牧管理科（饲料管理科）。
拟订畜牧业发展规划和年度计画，并组织实施；负责种畜禽生产经营的监督管理；对畜牧生产单位进行技术指导和监督管理，组织畜牧养殖标準化生产、安全食品体系认证和环境治理，指导畜禽安全性生产和专业经济合作组织建设。
（七）北京市顺义区农业局兽医管理科。
负责动物检疫监督管理，负责动物诊疗场所和兽药生产、经营单位的行政审批和监督管理；负责动物及动物产品的兽药残留监控管理；负责兽医从业人员的资格管理和队伍建设；指导动物卫生监督执法工作。

一、北京市顺义区农业局职责调整
（一）取消的职责。
由区政府公布取消的行政审批事项。
（二）划入的职责。
划入原区农委承担的农业行政管理职责。

（三）增加的职责。
生鲜乳生产、收购环节质量安全监督管理的职责。
（四）转变的职责。
1.加强对生态农业、循环农业的指导服务和监督管理，促进农业可持续发展。
2.推进农产品质量安全体系建设，强化农产品和农业投入品的质量安全监督，强化动植物疫病防控的监督管理。
3.强化本区特需农产品供应保障的职责。
二、北京市顺义区农业局主要职责
（一）区农业局主要职责。
1.贯彻执行国家、北京市关于农业发展的方针、政策和法律、法规；研究起草本区相关政策措施，并组织实施。
2.负责本区种植业、水产业、农业机械化的发展和行业监督管理，以及生产安全管理工作。组织拟订本区种植业、水产业、农业机械化以及农村可再生能源、农业科技、农技推广的发展规划，并指导实施。
3.负责本区粮经、蔬菜、水产等农产品生产环节的质量安全监督管理；负责农药、肥料等农业投入品的监督管理；负责农产品质量安全检测和农业检验检测体系建设；负责特需农产品供应的组织协调和监督管理。
4.负责本区植物检疫、农作物种子、农机安全、渔政、农药和肥料等农业投入品、农产品质量安全及农业转基因生物安全等方面的法制宣传教育和行政执法。

（二）区动物卫生监督局主要职责。
1.贯彻执行国家、北京市有关动物卫生安全的方针、政策和法律、法规。
2.负责制定本区动物疫病的防治规划和计画，并组织实施；制定重大动物疫病、人畜共患病预防、控制和扑灭的应急预案及措施；制定和完善各项重大动物疫病防控责任制，完善重大动物疫病免疫、监测、封锁、扑杀、消毒、无害化处理、补偿方案并组织实施；承担区防治重大动物疫病指挥部（区重大动物疫情应急指挥部）办公室的日常工作。
3.负责制定本区畜牧兽医行业发展的规划和计画，并组织实施。
4.负责本区动物防疫、检疫工作，负责动物及动物产品的安全生产体系建设和监督管理工作。

北京市顺义区农业局行政编制27名（含纪检、监察专项编制）。其中：局长1名，副局长3名；科级领导职数9名。
机关工勤事业编制5名。