2002年经教育部批准升为普通本科高校。2007年交通部与山东省签署档案共建山东交通学院。2009年省政府批准为山东省船舶与海洋工程专业人才教育培训基地，省教育厅批准为山东省首批研究生联合培养基地单位。2011年学校成为“全国高校毕业生就业50强”典型经验高校，国务院学位委员会批准为培养硕士专业学位研究生试点工作单位。

学校占地面积2200余亩，分为无影山校区、长清校区、威海校区3个校区办学。教学科研仪器设备总值1.85亿元，馆藏纸质图书159.2万册。现有全日制在校学生18384人，在职教职工1254人，专任教师918人，其中正高级职称79人、副高级职称268人，博士109人、硕士587人，享受国务院政府特殊津贴者11人，省部级优秀教师13人，山东省有突出贡献的中青年专家1人，聘请2名院士担任学校兼职教授。学校现已成为山东省唯一一所以培养水、陆交通专业人才为主的普通高等学校。

山东交通学院威海校区（山东海运学院）座落在被联合国誉为"最适合人类居住的城市之一"的美丽海滨小城——威海市，与刘公岛隔海相望。该校区教学环境优越，实验和实习设施齐全，建有ARPA、雷达观测与模拟训练系统等三十多个航海类专业实验室，大型航海模拟操纵器、轮机模拟器两个重点实验室在全国领先，海船船员适任考试远程计算机终端考场是山东辖区船员培训机构的第一家。学院在1999年按照STCW78/95公约建立运行了质量体系并取得交通部海事局认证，是国际海事组织认可、国家海事局指定的船员教育与培训资格的航海院校。

校区现有教职工161人，在校生2100人。现开设航海技术、轮机工程、船舶製造与修理、计算机及套用等本专科专业。学院办学层次以全日制普通高等教育以高中后四年制本科和高中后三年制专科为主，兼顾成人继续教育和船员培训等。成人继续教育有专科、专升本层次的学历教育。船员培训有非航海工科大专以上学历高级船员培训、精通救生艇筏和救助艇培训等二十余个培训项目，是山东省中、高级船员培训基地。自获得甲类适任证书评估考试资格以来，学院组织应届毕业生参加全国甲类适任证书统考，连续五年在全国航海类院校中取得第一名。

山东交通学院威海校区与全国各省市百余家用人单位建立稳定的人才供需协作关係，每年举办大型毕业生双选会，组织了中远集团、中海集团、港口、船厂、地方海运等单位来院参加，为毕业生择业提供机会，保证毕业生就业信息和就业渠道的畅通，连续多年就业率达到100%，就业前景广阔。学院已向全国港航企事业单位输送了二万余名航运业所需要的各级各类专门人才，培养的船长、轮机长、大副、大管轮等毕业生航迹遍于世界各大洋。

作为培养航运人才的"摇篮"，山东交通学院威海校区将坚持"以市场需求为导向，以人才培养质量为根本，以服务为宗旨，以特色求发展"的教育理念，全面落实科学发展观，发挥航海教育的优势，培养出更多的优秀毕业生，竭诚为用人单位服务，为社会服务。

2013年1月26日，山东省教育厅、交通运输厅与威海市政府在济南签署协定，三方将对现位于威海市区的山东海运学院进行迁址扩建，成立山东交通学院威海校区。山东省教育厅厅长齐涛、交通运输厅厅长贾学英、威海市委书记孙述涛分别在仪式上致辞。

山东省作为全国交通较为发达的省份之一，交通运输业在推进全省经济社会发展中的作用越来越突出、地位越来越重要。尤其是随着“蓝黄”两大战略，特别是蓝色经济区建设的快速推进，山东省将以提升海上交通为重点，进一步完善交通网路，构建海陆相连、空地一体、便捷高效的现代综合交通网路体系，对交通运输人才的需求不断增长。

山东交通学院是山东省唯一一所以培养公路、水路交通运输专门人才为主的本科高校，具有优越的办学和专业优势。威海市作为蓝色经济区建设的重要城市，正在致力构建包括海上物流业在内的现代蓝色产业体系。山东海运学院建设作为全省蓝色经济区建设的重点项目之一，得到了山东省教育厅、交通运输厅的大力支持，三方决定将位于威海市区的山东海运学院迁址扩建，设立山东海运学院，作为山东交通学院威海校区。

为适应蓝色经济区建设需要，加快涉海、涉空交通运输人才的培养，山东交通学院经与威海市政府协商达成一致意见，并徵得山东省教育厅、山东省交通运输厅同意，决定将海运学院迁址扩建，设立山东交通学院威海校区，长远规划占地1005亩，分两期建设，一期供地585亩，设计规模5000人，利用威海良好的海域和蓝天等自然条件和区位优势，建设海运学院、船舶学院、航空学院、港航学院、航政管理学院和水上运动训练中心，将其办成海运、航空专业人才培养基地。山东交通学院威海校区的进驻，将进一步提升双岛湾科技城的文化内涵与创新能力。同时，双岛湾科技城内丰富的科技资源、浓厚的创新氛围，也将对山东交通学院威海校区发展产生积极作用。