由于安全系统有自己的某些特点，故系统安全分析与一般的系统分析有如下不同点：如相反性，随机性。

一般系统分析目的在于对正常运行系统进行分析辨识，以提高系统功能和经济效益，这种分析是常规分析。而系统安全分析目的，在于对可能破坏系统运行的潜在危险因素进行分析。因此必须进行深入细緻的剖析，运用工程逻辑及其他有关方法，对有关因素及危险的因果关係作出合科逻辑的思维推理和判断。

由于安全系统是工程系统、管理系统和社会系统有机结合的特殊系统，是大量偶然因素作用的多变数的随机系统。因此，对系统存在的危险性及其大小、潜伏地点、传递关係以及可能波及的範围等的分析存在着一定的不确定性。分析结果的量化以机率型为主。机率为1表示事件必然发生，机率为零表示事件不可能发生，机率介于零和1之间则表示各种发生难易程度不同的事件。

系统安全分析的技术方法主要有：安全检查表、鱼刺图、事件树分析、事故树分析等30余种。随着生产的不断现代化，安全系统分析方法将越来越多样化。

因为系统安全分析的对象是系统存在的危险性，所以这种分析又称为“危险分析”。