一架隶属于美国的运输机坠落到东京湾，恐怖的经历就此展开。
数日后，接连发生的机器人被袭击案件导致数名驾驶员的死亡，刑事久住武史和助手泰真一郎开始调查此案。在调查过程中，心不在焉的一郎认识了岬冴子，对她产生了爱慕。袭击事件仍旧继续发生着，不仅是机器人，连普通人也有数人死于非命，而且在东京湾内，渔民发现了巨大的不明物体。在得知巴比伦基地发生怪异事件后，两位刑事赶到基地，却被一只巨大的怪物追击而险些丧命。
此时，东都生物医学研究所的所长似乎知道整件事情的来龙去脉，而久住武史和泰真一郎也追查到了这里，他们发现岬冴子原来是这里的研究员，她的可疑之处颇多，而一郎也了解到冴子悲惨的过去。
经过努力，案情基本得到确认：怪物是实验室的样品，代号是“13号”。为了消灭怪物，各方决定协同作战，并由特车2课第2小队实行消灭任务！当13号落入圈套时，冴子也选择了结束生命，而一郎却无法阻止这一切的发生。

改编自漫画的MOVIE3，以两个机动世界的局外人完成了情节的铺张，这代表着机动警察的复活？还是宣告这一系列完结之作？总之，正如某人的评论那样：特车2课完全沦落到警察A、警察B的地步，仅存的少许戏份只留给后藤而已，不能不说是一种遗憾，虽然本片是很出色的作品。