由Autoconf生成的配置脚本在运行的时候不需要用户的手工干预；通常它们甚至不需要 通过给出参数以确定系统的类型。相反，它们对软体包可能需要的各种特徵进行独立 的测试。（在每个测试之前，它们列印一个单行的讯息以说明它们正在进行的检测， 以使得用户不会因为等待脚本执行完毕而焦躁。）因此，它们在混合系统或者从各种 常见Unix变种定製而成的系统中工作的很好。没有必要维护档案以储存由各个Unix变种 、各个发行版本所支持的特徵的列表。

对于每个使用了Autoconf的软体包，Autoconf从一个列举了该软体包需要的，或者可以 使用的系统特徵的列表的模板档案中生成配置脚本。在shell代码识别并回响了一个被 列出的系统特徵之后，Autoconf允许多个可能使用（或者需要）该特徵的软体包共享该特徵。 如果后来因为某些原因需要调整shell代码，就只要在一个地方进行修改； 所有的配置脚本都将被自动地重新生成以使用更新了的代码。

在目的上与Autoconf很相似，但它，在配置一个 大的原始码树的时候这是十分不方便的。不象Metaconfig脚本，如果在编写脚本时小心谨慎， Autoconf可以支持交叉编译（cross-compiling）。