2009年，《人民日报》、《文汇报》等媒体质疑成都理工大学在04、06两年邀请武书连做讲座，并给予其数万元钱后，武书连发布的《中国大学排行榜》中使该校名次提升20余位。

2012年，《羊城晚报》质疑武书连所在课题组发布的《中国大学排行榜》将浙江大学排在第一位，高于清华大学与北京大学。《中国青年报》、《中国科学报》质疑武书连所在课题组发布的2012中国大学排行榜只重数量，不重质量。

近日，《中国高教研究》发表了中国科学技术大学高教研究所“大学评价研究课题组”的学术论文《基于公信力视角的大学排名研究》，从学术的角度对武书连课题组推出的《2010中国大学评价》提出了若干质疑。该论文指出，依据武书连课题组的指标体系和算法，美国加州理工学院“人才培养”得分无缘进入武书连排行榜单的前500名。

在《武书连2012中国大学排行榜发布 浙大北大清华蝉联三甲》中，武书连将其《武书连2012中国36所研究型大学综合实力纵览》中公布的十数所大学的科研得分胡乱摆放，以期得到他所想要的结果。在《武书连2012中国大学排行榜发布 浙大北大清华蝉联三甲》中将中国科大的得分48.13替换为西安交大的得分，将西安交大的得分41.46替换为山东大学的得分，将山东大学的得分40.94替换为南开大学的得分，将南开大学的得分48.05替换为中国科大的得分；将中国人民大学的得分36.89替换为中南大学的得分，将中南大学的得分替换为中国人大的得分；将北京师大的得分33.86与天津大学对换；将厦门大学的得分31.13与华南理工对换；将兰州大学的得分27.68替换为北航的得分；将中国农大的得分27.23替换为西北工大的得分；将西北工大的得分替换为北京理工的得分，......

在网易部落格文章今天上午揭露了武书连2012大学排行数据造假后，武书连在晚间匆忙修改了他的《武书连2012中国36所研究型大学综合实力纵览》的数据，以掩盖其在《武书连2012中国大学排行榜》的造假行为。

但是武书连大学排行的数据造假的行为是掩盖不了的，百度快照已经将武书连的造假行为定格于历史之中。用“武书连2012中国36所研究型大学综合实力纵览”作为关键字在百度上搜寻，可以得到这样一个百度快照的连结来还原历史真相，新浪网、高考网等网站的转载也证明了这一点。