2号线和5号线车站均为地下车站，且都是岛式站台设计。

5号线车站内部装修採用了拱形屋顶，站内立柱为浅棕色，古朴大气。

5号线崇文门站位于2号线崇文门站至北京站段的隧道下方，最短处仅距离2号线地板1.9米，施工难度很大。经过众多专家学者的一致攻关，施工方採用了直径60厘米的钢管硬是在2号线底部搭建成了一个20多米的“大管棚”保证了工期的顺利进行。

两条换乘通道均较长，其中南通道长133米，北通道长174米，均採用了水平自动步道进行换乘。

崇文门站站内立体图

103(北京站西-动物园)、104(北京站西-五路居)、60(北京游乐园-黄寺总政大院)、特2(丽泽桥北-炎黄艺术馆)、9(北京西站-金台路)、41(北京华侨城-东单路口南)、106(北京南站-东直门)、110(城铁柳芳站-天桥)、116(北京游乐园-城铁柳芳站)、108(崇文门外-大屯南)、111(白石桥东-崇文门内)、39(北京站东-铜厂)、44、43(团结湖-五间楼)、

2号线崇文门站一共有6个出口：A1西北西，A2西北东，B1东北东，B2东北西，C东南，D1西南；5号线崇文门站一共有4个出口：A：西北，B：东北，C：东南，D：西南。由于两线出入口字母混淆，自2016年10月13日起，5号线的原四个出口编号被进行调整，调整后分别对应：E、F、G、H

5号线崇文门站的出口，均採用外立面瓷砖技术参照1912年的崇文门城楼和1952年的火车列车实景照片烧制，充满古韵风情。

A：西北口

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公交线路：103、104、3、8、54、60、211、808、703、特2、848、821、7、209夜、9、48、729、744、

B：东北口

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公交线路：41、812、807、813、106、110、116、

C：东南口

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公交线路：108、111、39、39支、44、43、820、103、104快、808、3、8、116、610、723、807、812、

D：西南口

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