鲁南高铁菏泽至曲阜段起点站与规划京九客运专线接驳共站，站址在菏泽市陈集附近，线路出站后大致沿日兰高速公路走行，依次途径定陶区、郓城县、巨野县和济宁市的嘉祥县、汶上县、任城区、兖州区和曲阜市，线路正线全长163km。全线新建菏泽新东站、巨野北、嘉祥北、济宁北站、兖州南和曲阜南站6个车站包括高铁站房、站前广场、高架进站平台、轨道交通土建预留、地下停车及商业设施、公共车站、公交枢纽、计程车及社会车辆停放系统及周边配套设施等。高铁站房工程包括主站房、高架候车厅、地下出站区和城市通廊 。 由于兖州南站建设需要考虑到与济宁新机场相连线，为济宁轨道交通预留接入口，兖梁城际铁路也有可能在这里北上，远期济徐城际铁路联络线也将经过，建设地下停车场等和配套的公交中心。方便人们直接通达济宁新机场或到其它城市进行旅游和商务活动。届时济宁轨道交通三号线支线和济微高速和西浦路也将经过兖州南站，形成一个立体的交通网路。

据济宁公共资源交易网显示，兖州南站站房主体结构为钢筋混凝土框架结构体系，屋面为钢网架结构，主体结构耐久性：高架站房100年，其他站房50年；建筑结构安全等级为一级；建筑耐火等级：地面以上为二级，站台柱、雨棚二级，地下建筑为一级。

2016年11月，中国曾发布《新建鲁南高速铁路曲阜南站等8座客站建筑概念设计方案徵集信息公告》。

3月13日，中国铁路经济规划研究院又发布了最新版本的《新建鲁南高速铁路曲阜南站等8座客站建筑概念设计方案徵集信息公告》，再次对鲁南高铁8座客站的建筑规模和车场规模进行公示。

2017年5月，中国铁路经济规划研究院又对鲁南高铁8座车站进行澄清，其中第一个就是兖州南站。

通过对比两份公告，在新修建的8个高铁站中，兖州南站比原计画的5000平米，扩大了4倍，现在扩大到20000平米。

据了解，曲阜东站的建筑面积为9996平方米，新建的兖州南站是其2倍。

2018年8月，山东省住房和建设厅发布了《新建鲁南快速通道曲阜菏泽段批覆公示》，这表示鲁南高铁已经批覆，兖州南站也即将开工建设。

据中国铁路经济规划研究院档案，跨线设施两处：一处8米宽天桥，一处8米宽出站地道。按照济宁市轨道交通规划，轨道交通1号线下穿兖州南站