作为加泰罗尼亚豪门巴塞隆纳俱乐部的青训产品，塞尔吉尚未在西甲联赛出场就被一线队的主教练约翰·克鲁伊夫召唤参加欧洲冠军联赛小组赛阶段客场对阵加拉塔萨雷SK的比赛（0-0，1993年11月24日）。从那以后，他成为了边路无可争议的第一选择，每赛季联赛出场不少于31场比赛，直到1999年。 在巴萨 ，他赢得了三个联赛冠军，两个国王杯冠军和两个超级盃冠军，外加1997年欧洲优胜者杯和欧洲超级盃冠军。 与另一位青训毕业生阿尔伯特·费雷尔分别镇守两个边后卫位置。

被主教练范加尔视为多余后，塞尔吉在2002年7月转会到马德里竞技，在马竞他踢了3个赛季（85次联赛出场不过他得到33 张黄牌）。

2009年7月，在从事行销和管理青少年足球训练营工作几年后，塞尔吉回到巴塞隆纳，被任命为巴萨青年B队教练。2012年5月22日，执教韦尔瓦足球俱乐部(Huelva)。

被提拔到巴塞隆纳的主力阵容后不久，塞尔吉于1994年2月9日，在圣克鲁斯-德特内里费与波兰队的友谊赛上完成西班牙国家队首演。

他接着参加了1994年FIFA世界盃，1996年欧洲杯，1998年世界盃和2000年欧洲杯，代表国家总共56次出场。

从2009年起，塞尔吉·巴胡安作为主教练执教过巴塞隆纳青年队，以及皇家韦尔瓦、皇家马洛卡等西班牙球队。

2017年11月26日，浙江绿城足球俱乐部召开新闻发布会，正式公布了球队新一任主帅——46岁的塞尔吉·巴尔胡安。

2018年3月10日，2018赛季中甲联赛首轮，浙江绿城2:0战胜呼和浩特队取得开门红，塞尔吉完成在中国执教的首秀。

2019年7月3日，浙江绿城宣布原俱乐部主帅塞尔吉正式下课。浙江绿城本赛季半程过后，绿城6胜6平3负积24分排名联赛第6，落后联赛头名青岛黄海6分。

西甲联赛冠军：3次（1994、1998、1999）

西班牙国王杯：2次（1997、1998）

西班牙超级盃冠军：2次（1994、1996）

欧洲优胜者杯冠军：1次（1997）

欧洲超级盃冠军：1次（1997）