阿隆索出生于西班牙首都马德里，1999年加入皇家马德里足球俱乐部青训营，并在2008年开始代表皇家马德里卡斯蒂亚（皇马B队）征战西乙联赛。

2009年12月11日，阿隆索第一次被提拔进皇马一线队进行训练，準备和瓦伦西亚的联赛，但没有入选最终的18人名单。2010年4月4日，在西甲皇马2-0击败桑坦德竞技的比赛中，第90分钟阿隆索替补冈萨洛·伊瓜因，完成了代表一线队的唯一一次出场，唯一的表现就是发了一个前场的界外球。

2010年7月27日，英超博尔顿足球俱乐部官方宣布阿隆索加盟。8月24日，在联赛杯博尔顿1-0击败南安普顿的比赛中，阿隆索首次代表博尔顿出场。2011年1月1日，在英超博尔顿1-2不敌利物浦的比赛中，阿隆索替补保罗·罗宾逊出场，完成英超首秀。2010-11赛季，阿隆索在博尔顿的首个赛季依然长期被排除在阵容之外，只代表球队在各项赛事出场9次，其中在英超只出场4次。

2011-12赛季，阿隆索经历了长期的伤停，然而就算恢复后也很难得到出场机会，只代表球队在各项赛事出场7次，打进1球，而博尔顿也在赛季结束后降入英冠联赛。

2012-13赛季，因为成绩原因球队主教练欧文·科伊尔被解僱，同时球队主力左后卫史蒂芬·沃尔诺克在赛季中段结束租期离队，另一个可以踢左后卫位置的萨穆埃尔·里基茨回到右后卫位置。财政困难的博尔顿只能选择内部挖潜，阿隆索便得到了为博尔顿踢首发的机会。该赛季，阿隆索代表球队在各项赛事出场30次，打进4球，并当选俱乐部赛季最佳球员。

阿隆索在博尔顿效力了三个赛季，其中两个赛季是在英超，代表球队在各项赛事出场46次，打进5球。

2013年5月31日，阿隆索自由转会至意甲佛罗伦斯足球俱乐部。来到佛罗伦斯的第一个赛季，阿隆索依然得不到重用，因为在佛罗伦斯的左后卫位置上有队长马努埃尔·帕斯夸尔，所以阿隆索在2013-14赛季中段被佛罗伦斯出租。

2013年12月30日，英超桑德兰足球俱乐部从佛罗伦斯租借得到阿隆索。

2014年1月，在英格兰联赛杯半决赛首回合桑德兰对阵曼联的比赛中，阿隆索完成桑德兰生涯首秀并打满全场，帮助球队2-1取胜；次回合，两队在点球大战中10个点球总计罚丢了7个，但是阿隆索罚进了点球，最终帮助球队点球2-1、总比分5-4淘汰曼联，打进联赛杯决赛。3月2日，在联赛杯决赛桑德兰对阵曼城的比赛中，阿隆索打满全场，但球队最终1-3落败，获得亚军。4月20日，在英超桑德兰对阵切尔西的比赛中，阿隆索打满全场，帮助球队2-1取胜，终结了何塞·穆里尼奥执教切尔西连续77个主场不败的纪录。2013-14赛季，阿隆索代表球队在英超出场16次，帮助球队成功保级。

结束租期回到佛罗伦斯后，阿隆索的出场机会急剧增加。随着佛罗伦斯开始踢三后卫，阿隆索也占据了佛罗伦斯左边翼位的主力位置。2014-15、2015-16连续两个赛季，阿隆索的出场次数都超过了30场，两个赛季总计出场74次，打进5球。

2016年8月31日，英超切尔西足球俱乐部宣布从佛罗伦斯签下阿隆索，契约为期五年。9月21日，在联赛杯切尔西对阵莱斯特城的比赛中，阿隆索完成切尔西首秀。此后阿隆索在安东尼奥·孔蒂的3-4-3阵型中出任左边翼卫，帮助球队在10月保持全胜并且一球未失。11月5日，在英超切尔西5-0战胜埃弗顿的比赛中，阿隆索打进切尔西生涯首球。2017年1月15日，在英超切尔西对阵莱斯特城的比赛中，阿隆索梅开二度，帮助球队3-0取胜。2月4日，在英超切尔西对阵阿森纳的比赛中，阿隆索头球首开纪录，帮助球队3-1取胜。2016-17赛季，阿隆索在来到切尔西的首个赛季代表球队在联赛出场31次，打进6球，帮助球队夺得英超冠军。

2017年8月21日，在英超切尔西对阵托特纳姆热刺的比赛中，阿隆索以自由球首开纪录，并在最后时刻上演绝杀，帮助球队2-1取胜，为切尔西带来了2017-18赛季的首场胜利。2018年1月4日，在英超切尔西对阵阿森纳的比赛中，阿隆索第84分钟帮助球队2-1反超，但在补时被对手逼平。2017-18赛季，阿隆索代表球队在各项赛事出场46次，打进8球，帮助球队夺得足总杯冠军，个人入选PFA英超最佳阵容。

2018年8月19日，在英超切尔西对阵阿森纳的比赛中，阿隆索在第9分钟助攻佩德罗首开纪录、第81分钟接到埃登·阿扎尔的助攻完成绝杀，帮助球队3-2取胜。8月26日，在英超切尔西对阵纽卡斯尔联的比赛中，阿隆索製造一粒点球和对手的一次乌龙，帮助切尔西2-1取胜。9月1日，在英超切尔西对阵伯恩茅斯的比赛中，阿隆索第85分钟助攻阿扎尔破门锁定胜局，连续3场比赛为切尔西製造进球，帮助球队2-0取胜。

2018年3月27日，在西班牙对阵阿根廷的友谊赛中，阿隆索完成西班牙国家队首秀，帮助球队6-1取胜。

阿隆索的祖父和父亲都是足球运动员，而且都有代表西班牙国家队出场的经历。祖父马科斯·阿隆索·伊马斯曾经与阿尔弗雷多·迪·斯蒂法诺、费伦茨·普斯卡什做过队友，为皇家马德里一线队效力8个赛季。而父亲马科斯·阿隆索·佩尼亚在西甲联赛中出场超过300次，职业生涯的大部分时间都是在皇家马德里的死敌马德里竞技和巴塞隆纳踢球。

作为一名后卫，阿隆索在进攻端的数据着实令人叹服。阿隆索完美的继承了蓝军带刀后卫的传统，他如今已然成为了英超第一带刀侍卫。阿隆索被不少人认为速度不够快，防守能力也不够强，是蓝军阵中的最弱一环，不过，这些批评之声成为了阿隆索前进的动力，越是饱受诟病，越是备受批评，阿隆索就越能够强势反弹。（新浪网评）

阿隆索的身体素质处于最顶级的水準，他在进攻端的表现非常非常出色。同时阿隆索可以在防守端继续提升，如果他能做到这一点的话，他可能就会是世界上最好的左后卫了。（毛里奇奥·萨里评）

马科斯·阿隆索可以适应四后卫体系里的左后卫角色，也能适应三后卫体系里的左边翼位角色，甚至还能客串中锋，是一位非常难得的万金油球员。（腾讯网评）

2011年5月2日，阿隆索在马德里捲入一场车祸。在饮酒和下雨的情况下，他驾驶祖父的宝马车以每小时112.8公里的高速撞上了街边的石墙（限速路段：每小时50公里），造成车内一位19岁女孩不幸离世（未系安全带）。经过长时间的调查、起诉和辩护，阿隆索的公诉刑期最终由4年、减到21个月直至变为罚款——为此，他付出的代价是6.1万欧元罚金和40个月禁止驾车。