包括东道主印度尼西亚在内，共有25支来自亚足联的由23岁以下球员组成的奥林匹克代表队参赛，每支球队报名20名球员，其中包括3名超龄球员。

根据在上届赛事2014年仁川亚运会上的表现，将参赛球队分成四档，东道主印度尼西亚直接入选第一档种子队，并进入A组，各档次内其余球队任意抽取一只球队进行分组，分为A-F组。

包括东道主印度尼西亚在内，共有11支来自亚足联的代表队参赛。

2018年7月5日，2018年印尼雅加达亚运会男子足球比赛分组抽籤结果揭晓。在此次分组抽籤中，因组委会将阿联和巴勒斯坦两队遗漏，故重新抽籤，新的分组抽籤仪式于7月25日重新进行，参赛队伍从24支增至26支，抽籤地点为亚足联总部吉隆坡。8月3日，亚足联官方宣布，由于伊拉克U23男足退出亚运会，阿联U23男足递补进入C组，参赛队伍变更为25支，被分成6个小组，其中1个小组为5支球队，5个小组为4支球队。

7月5日，2018年印尼雅加达亚运会女足比赛分组抽籤分组抽籤结果揭晓。