1996年，铁路退出，毅腾集团全面掌管球队，成立大连毅腾连铁足球俱乐部，但在武汉进行的中乙联赛决赛阶段比赛中，在A组3战皆负排名垫底，未能进入複赛。1999年有望沖入甲B的球队遭遇“69事件”，俱乐部以800万元人民币将毅腾一、二线队转售给大连实德足球俱乐部，一度退出了足坛。 2005年球队将主场迁往哈尔滨，12月20日经中国足协正式批准更名为大连毅腾足球俱乐部哈尔滨毅腾队，曾是中国足球地理位置最北端的职业足球俱乐部（位于黑龙江省哈尔滨），2008年3月球队迁往山东省烟台市，并更名为大连毅腾足球俱乐部烟台毅腾飓风队，成为烟台历史上首支职业足球队。2009年，球队迁回大连。2011年再次迁往哈尔滨，更名为大连毅腾足球俱乐部哈尔滨松北毅腾队。

现更名为浙江毅腾足球俱乐部。