在2016年之前，上海市最高水平的业余足球赛事是2011年复办的“陈毅杯”足球赛（多为杯赛赛制，队伍少时也採用联赛赛制）。2017年，上海市足球协会单独举办独立于“陈毅杯”上海市足球协会杯赛以外的上海市足球协会业余足球联赛。

2018年，联赛划分为上海市足球协会超级联赛和上海市足球协会甲级联赛两个等级。超级联赛採用主客场双循环赛制，而甲级联赛採用分组淘汰的赛制。