北京理工大学足球队成立于2000年9月，这支队伍的前身是人大附中BTV三高足球俱乐部一队。1997年他们作为继健力宝之后，中国第二支出国留学的少年球队远赴墨西哥进行为期两年的足球训练，回国后，参加了中国足协举办的1999年的“全国足球乙级联赛”，与职业队进行了正式的对话。

2000年7月经过全国高等学校入学统一考试，并考试合格。9月整体招入北京理工大学，成为在校大学生。足球队进校后，每年进行冬训，2001年在广州进行冬训。2002年在昆明海埂训练基地进行训练，与中国的职业足球队伍甲A、甲B、乙级队一起进行了冬训，并与多支甲A、甲B队伍进行了教学比赛，取得9 胜7负的战绩，受益匪浅。2003年赴韩国进行冬训，与韩国大学生队进行了大量教学比赛，在大量的教学比赛中，北京理工大学足球队逐渐完善了队伍的技战术风格和战术打法，并取得了19胜2平2负优异的成绩。在学校的大力支持下以及在高水平的飞利浦全国大学生足球联赛中的磨鍊，北京理工大学足球队已成为一支既有一定足球职业水準、又具有合格大学生素质的校足球队。

同时，北京理工大学足球队向甲A的职业足球队输送了一名队员（杨思源同学，重庆力帆足球俱乐部一队），向新加坡职业队输送一名队员（张树同学，新加坡华人俱乐部一队），在这期间还有两名队员(李爽、孙磊同学)去国家青年队进行试训。同时，北京理工大学足球队在国家教委举行的大学生足球联赛中，培养了两届最佳射手王强同学、两届最佳守门员孙程同学、最佳优秀运动员张树同学。球队中有许多同学曾多次被评为校级或系级的优秀团员、优秀干部、三好学生等荣誉称号，并获得各种奖学金。

球队为北京理工大学的一支业余足球校队，也是中国大学生足球联赛的劲旅，曾2度蝉大学生足球联赛冠军，绰号“学生军”，最初主要由8名研究生、22名大学生组成，可以说是中国职业足坛学历最高的球队。球队的经济来源主要包括校方拨款、企业赞助和毕业校友的捐款。队员们平时都是边上学边参加训练和比赛，球队只象徵性地给他们每月发放400元的生活补助。

在2006年10月31日，北京理工以点球淘汰天津火车头，取得升上2007年中国足球协会甲级联赛的资格。一支校级业余球队可以打入职业足球联赛，在中国足坛也引起了广泛讨论,由于北京理工的成功令中国足协对中国足球乙级联赛进行了改制。

2007年初，北京理工大学与北京华旗资讯数码科技有限公司签订合作协定，以华旗资讯下属着名数码品牌爱国者冠名北京爱国者大学生的名义参加中国足球甲级联赛，并在首场中甲比赛中令人惊奇的以1-0击败了老牌甲级球队南京有有，最终位列联赛第11名。

2009年，球队更换了冠名商，以北京贵人鸟大学生的名义参加中国足球甲级联赛，在赛季末，曹限东离开北理工主教练的位置。

2010年，球队由中国国少队主教练张宁兼职主教练。由于受困资金短缺，北京理工很难签到好外援，只能用外国留学生，连续三年都是惊险保级。张宁在带领球队惊险保级后原本有望留任，但因经济上的原因，最终无缘学生军。

2015年4月9日下午，鑫苑置业冠名北京理工足球队暨双方合作新闻发布会在北京理工大学体育馆内举行，鑫苑与北理工正式签署了合作协定，据悉鑫苑将成为北理工俱乐部的第二大股东，并将在今后三年里成为球队的冠名商。

2015年11月1日，北理工客场2:1战胜江西联盛，但依旧不幸降级，将征战2016赛季中乙联赛。

2017年4月6日，北京理工大学与竞佳境体育文化传媒（北京）有限公司就共建发展北京理工足球俱乐部股权合作新闻发布会在北京理工大学7号教学楼报告厅召开，在会上，北京理工大学常务副校长杨宾正式对外宣布，北京理工足球俱乐部有限公司携手竞佳境体育文化传媒（北京）有限公司，在俱乐部经营管理、球队技战术打法提升以及青训建设等方面合作共建。

截止至2017年5月28日，北京理工队在2017中乙联赛中获得1胜5平1负积8分成绩排名北区第8名。

2000年-2001年第一届飞利浦全国大学生足球联赛季军

2001年-2002年第二届飞利浦全国大学生足球联赛冠军

2002年-2003年第三届飞利浦全国大学生足球联赛冠军

2003年-2004年第四届飞利浦全国大学生足球联赛冠军

2003年6月，教育部、中国足协正式授权北京理工大学足球队代表中国参加在韩国举行的第二十二届世界大学生运动会，并聘请金志扬担任中国大学生足球队主教练。最终获得第7名的好成绩。

2006年10月底北京理工大学足球俱乐部以第一名的身份从中国足球协会乙级联赛中成功晋升中甲联赛

2010-2011中国大学生足球联赛全国总冠军

2012年全国大学生运动会男子足球冠军

2012-2013中国大学生足球联赛（超级组）全国总冠军

2013-2014特步中国大学生足球联赛（超级组）全国总冠军