1999年教育部体育卫生与艺术教育司和中国中学生体育协会共同举办了首届比赛，由于华晨集团提供赞助，起初联赛被称作华晨杯全国高中生足球联赛，简称中足赛。2004年4月中国中学生体育协会足球分会成立。2006年更名中国中学生足球联赛。2007年在耐克体育(中国)有限公司的全程赞助和支持下中国中学生体育协会又推出了全新的中国高中足球联赛。

2014年7月28日，在全国学校体育工作座谈会上指出。在体育项目中，教育部计画将校园足球作为重点项目。计画用3年时间把校园足球定点学校由5000余所扩展到2万所，并从2014年起逐步建立健全国小、国中、高中和大学四级足球联赛机制，通过招生考试政策疏通足球人才成长通道，源源不断培养优秀足球后备人才。