本届杯赛连续第三年由日本公司东芝冠名。2013年中甲球队在第二轮加入足协杯比赛。2013年中超球队（除亚冠参赛球队外）在第三轮加入足协杯比赛。亚冠参赛球队在联赛第四轮加入足协杯比赛。

2013年中国足协杯的业余球队共8支，来自国内3个全国性业余联赛组织，他们是2012年中国足球协会业余联赛的冠军苏州锦富新材足球俱乐部、亚军青岛鲲鹏足球俱乐部先楚国际队、季军瀋阳河畔足球俱乐部和第5名大连银行龙捲风足球队，2012年亚足联中国展望城市联赛冠军杯前三名的武汉宏兴足球俱乐部、胶州风发足球俱乐部安基电力队和淄博三通教育星期天（淄博星期天足球俱乐部）队，2011-2012年中国大学生足球联赛亚军同济大学足球队。