1988年海南建省后，海口市人民检察院升格为地级市人民检察院，各区设新华、振东、秀英三个区检察院。2002年海口市人民检察院各部门科室改称处室，为副处级。同年，琼山市与海口市合併，原琼山市人民检察院更名为海口市琼山区人民检察院，原海口市新华区人民检察院更名为海口市龙华区人民检察院，原海口市振东区人民检察院更名为海口市美兰区人民检察院，海口市秀英区人民检察院名称不变。

海口市人民检察院内设14个部门，分别是：办公室、政治部、反贪污贿赂局、侦查监督处、公诉处、抗诉处、反渎职侵权局、监所检察处、民事行政检察处、控告申诉检察处、职务犯罪预防处、法律政策研究室、监察处、检察技术处。

（一）办公室

协助院领导处理检察政务，组织协调院重要工作部署、重大决策的贯彻实施，组织安排机关重要会议和重大活动；负责档案起草；管理秘书事务；处理检察信息；编髮内部刊物；处理机要文电；负责领导同志批办事项的督查工作；负责对台事务和外事接待工作；负责检察统计、档案管理、保密工作；负责对全市检察机关的行政装备工作的指导；制定全市检察机关行政装备中长期发展规划并组织实施；对省、市补助检察机关的办案、装备及基本建设经费进行分配和管理；负责全市检察机关的交通装备、武器弹药、服装的统筹计画和管理；负责全市检察机关经费及基本建设、外事等各种经费的申请、核算和管理及各种装备物资的统一购置和分配；负责市院的行政管理、后勤服务和安全保卫工作，承担市院机关财务、房地产、基本建设、固定资产、交通工具、办公秩序、环境卫生的管理；对各区人民检察院的相关业务进行指导。

（二）政治部

协同市委主管部门和区委负责全市检察机关党的建设和队伍建设工作；开展具有检察特点的思想政治工作；协同市委主管部门和区委负责各区人民检察院领导班子的考核、配备及后备干部的考察工作，办理有关任免手续；承担全市检察机关机构编制、人员录用工作以及检察机关的专业技术职称、工资津贴和奖励工作，制定检察机关有关干部管理规定，并组织实施；负责全市检察机关司法警察警衔的管理和司法警察的培训、考核工作；负责市人民检察院的机构设定、人员编制和干部考核、任免、调配、奖励及劳动工资、人事档案管理及老干部工作；负责市人民检察院的宣传工作以及对全市检察机关宣传工作的指导；负责对全市检察机关干部教育培训工作；规划指导检察机关的培训基地建设及师资队伍建设工作；负责市人民检察院的计画生育工作；指导市院工会、共青团、妇联等民众组织和统战工作；承办市委主管部门和院党组交办的工作；指导全市检察机关的干部人事管理工作。

政治部内设组织宣传科、警务科。

政治部是海口市人民检察院检察官考评审员会的办事机构。

（三）反贪污贿赂局

负责对全市检察机关办理贪污、贿赂、挪用公款、巨额财产来源不明、隐瞒境外存款、私分国有资产、私分罚没财物等犯罪案件的侦查、预审工作指导；直接立案侦查；中央、外省驻海口企业和省直机关、省属大中型企业的处、科级干部；海口市直机关的处、科级干部；市属大中型企业和各区直机关的处级干部犯罪案件；贪污贿赂数额在10万元以上，挪用公款在 100万元以上的犯罪案件；有可能判处无期徒刑或死刑的犯罪案件；以及高检院、省检察院和市委交办的案件。对全市贪污贿赂犯罪大要案进行督办、协办和备案审查；组织、协调、指挥本市涉外、跨市（区）、跨地区的重大、特大贪污贿赂等犯罪案件的侦查及个案协查工作；研究分析全市贪污贿赂等犯罪特点、规律，提出惩治对策；办理各区人民检察院反贪污贿赂工作中疑难问题的请示事项；研究制定本市反贪污贿赂检察业务工作细则、规定，并组织实施。

反贪污贿赂局内设侦查一科（主要负责侦查海口市辖区内的国有公司、企业和金融、证券、房地产、建筑工程等领域发生的的贪污贿赂等案件以及利用“电脑”等技术进行的专业性的贪污贿赂犯罪案件）、侦查二科（主要负责侦查海口市辖区内的“三机关一部门”中发生的贪污贿赂等犯罪案件以及走私、骗取国家出口退税、黑恶势力犯罪相关联的贪污贿赂等犯罪案件）、侦查三科（主要负责侦查海口市辖区内的县处级干部的贪污贿赂等犯罪案件以及上级机关交办的、民众反映强烈的贪污贿赂等犯罪案件）、综合指导科（与大要案侦查指挥中心一个机构两块牌子）（主要负责管理和审查本局受理的贪污贿赂等案件线索；负责本局案件的督办、反馈、管理；对区院案件进行指导，对大要案的协查协调）。

（四）侦查监督处

负责对全市刑事犯罪案件（包括人民检察院直接受理侦查的贪污贿赂、国家工作人员渎职等犯罪案件）犯罪嫌疑人的审查批捕、决定逮捕和立案监督、侦查活动监督工作的指导；承办应当由市人民检察院办理的审查批捕、决定逮捕案件；承办各区人民检察院侦查监督部门工作中疑难问题的请示；指导未成年人涉嫌犯罪案件的审查批捕工作；研究侦查监督业务规範化建设，制定有关工作细则、规定，并组织实施。

（五）公诉处

负责对全市刑事犯罪案件（包括人民检察院直接受理侦查的贪污贿赂、国家工作人员渎职等犯罪案件）的审查起诉、出庭公诉工作的指导；负责对人民法院刑事审判活动实行监督工作的指导；负责指导和监督全市检察机关直接受理案件的侦查工作的内部制约；承办由本院管辖第一审刑事案件的审查起诉、出庭公诉和提出抗诉的工作；对死刑犯执行进行临场监督；依法对公安机关、国家安全机关的刑事侦查活动和法院的刑事审判活动进行监督；负责对各区院不起诉案件的备案审查；办理各区院对刑事犯罪案件起诉工作中疑难问题的请示；指导未成年人涉嫌犯罪案件的审查起诉、出庭公诉及相关工作；研究起诉检察业务规範化建设，制定有关工作细则、规定，并组织实施。

（六）抗诉处

负责对各区院提出抗诉的刑事案件依法进行审查，并负责该抗诉案件的二审出庭工作；对市中级人民法院按第二审程式开庭审理的刑事抗诉案件和再审案件，派员出席法庭履行检察职责；对市中级人民法院终审的、确有错误的，按审判监督程式依法向市中级人民法院提出抗诉；负责上级院交办的刑事抗诉工作；依法对法院的刑事审判活动进行监督；办理各区院刑事抗诉工作中疑难问题的请示；研究抗诉业务规範化建设，制定有关工作细则、规定，并组织实施。

（七）反渎职侵权局

负责对全市检察机关办理国家机关工作人员渎职犯罪和国家机关工作人员利用职权实施非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪等案件的侦查、预审工作的指导；直接立案侦查本市有重大渎职侵权犯罪案件；组织、协调、指挥本市涉外、跨市（区）、跨地区的重大、特大渎职侵权犯罪案件的侦查以及个案协查工作；研究分析全市渎职侵权犯罪的特点和规律，提出惩治对策；承办各区人民检察院渎职侵权检察部门工作中疑难问题的请示；研究制定本市渎职侵权检察业务工作细则、规定，并组织实施。

（八）监所检察处

负责对全市执行机关执行刑罚的活动，减刑、假释、保外就医等变更执行和对监狱、看守所、劳动教养机关的活动是否合法以及对超期羁押监督工作的指导；指导和督办被监管改造人员重新犯罪案件的批捕、起诉工作；办理由市人民检察院管辖的发生在监管改造场所的抗诉工作；负责对刑罚执行和监管改造过程中发生的虐待被监管人案、私放在押人员案、失职致使在押人员脱逃案、徇私舞弊减刑、假释、暂予监外执行案的侦查工作和其它自侦案件立案前调查工作的指导；研究制定本市监所检察业务工作细则、规定，并组织实施。

监所检察处内设驻所检察一科（主要负责海口市看守所、海口市第二看守所、琼山第一看守所、琼山第二看守所的监所检察工作）、驻所检察二科（主要负责海口监狱、琼山监狱、罗牛山监狱、凤翔监狱的监所检察工作）、驻所检察三科（主要负责海南省劳教所、海南省女子劳教所、海口市劳教戒毒所的监所检察工作）、综合科（主要负责统计、内勤工作）。

（九）民事行政检察处

负责对全市民事经济审判、行政诉讼监督工作的指导；对本市各级人民法院已经发生法律效力的，确有错误的民事、经济、行政判决和裁定，按审判监督程式，向市中级人民法院提出抗诉；对市中级人民法院已经发生法律效力的、确有错误的民事、经济、行政判决和裁定，提请省人民检察院按审判监督程式向省高级人民法院提出抗诉；对市中级人民法院开庭审理的、市人民检察院抗诉的民事、经济、行政案件，出庭履行职务；研究分析全市民事经济审判、行政诉讼监督工作中的重大疑难问题，提出工作对策；承办各区人民检察院民事、行政检察工作中疑难问题的请示；研究制定本市民事、行政检察业务工作细则、规定，并组织实施。

（十）控告申诉检察处

负责对全市检察机关控告、申诉、举报和刑事赔偿工作的指导；受理公民的报案、举报、控告和刑事申诉；对举报线索进行分流，对检察机关管辖的性质不明、难以归口处理的举报案件线索进行初查；依法查办检察机关管辖的刑事申诉案件，督促检查有关部门查报结果；承办检察机关的刑事赔偿事项；综合反映控告、举报、刑事申诉和刑事赔偿工作情况；承办各区人民检察院控告、举报、刑事申诉和刑事赔偿工作中疑难问题的请示；研究制定本市控告、举报、刑事申诉和刑事赔偿工作细则、规定，并组织实施。

控告申诉检察处与市检察院举报中心、刑事赔偿工作办公室合署办公。

（十一）职务犯罪预防处

负责对全市各区人民检察院职务犯罪预防工作的指导；研究分析全市职务犯罪工作的特点、规律，提出贪污贿赂、渎职犯罪的预防对策；开展对未成年人犯罪的预防工作；负责对检察机关在检察环节中其他社会治安综合治理工作的指导；负责对职务犯罪预防工作的法制宣传；承担市预防犯罪指导委员会交办的具体工作；承办各区人民检察院有关职务犯罪预防工作疑难问题的请示事项；研究制定本市职务犯罪预防工作细则、规定，并组织实施。

（十二）法律政策研究室

负责调查研究国家、省和市公布的与检察工作有关的法律、法规、政策的执行情况，提出意见和建议；承办本市检察工作法律案的起草工作；对徵求市人民检察院意见的立法草案、行政法规草案研究提出意见；对检察工作适用法律问题提出司法解释建议；对本市检察机关在贯彻党的路线、方针、政策中的情况进行调查研究，提出意见；开展执法大检查；负责检察套用理论研究和检察工作的法制建设的调研、规划；负责人大代表联络工作和检风监督员、特约检察员的联繫工作；负责市人民检察院专家谘询委员会工作；承办市人民检察院检察委员会日常工作；负责对全市检察基础理论研究工作的指导；收集管理图书资料；编辑检察工作套用法律、法规档案和检察工作年鉴及有关内部刊物；负责市检察官协会的日常工作。

（十三）监察处（与纪检组合署办公）

负责对全市检察机关纪检监察工作的指导；检查全市检察机关及其内设机构在执行法律、法规和上级人民检察院的决定、规定中的问题；受理对检察人员违纪行为的控告、举报；按照干部管理许可权查办检察人员的违纪案件；受理检察人员不服政纪、党纪处分的申诉；负责对检察工作人员的党纪政纪教育。

（十四）检察技术处

负责对全市检察机关检察技术、办公自动化、网路通讯和物证检验、鉴定、审核工作的指导；依法开展司法鉴定工作；参与全市有关司法鉴定工作的管理，组织指导重大疑难案件的会检；负责全市检察技术科研工作；协助有关部门对技术人员的业务培训；负责全市检察技术装备、网路通讯装备的统筹计画和管理；制订全市检察技术信息工作计画和技术建设方案，并组织实施。

海口市人民检察院位于海口市国贸大道三横路9号。