1982年4月，成立中国科学院上海实验动物中心。

1999年，中国科学院上海生命科学研究院和上海交通大学医学院联合共建健康科学研究所。

2002年6月，中国科学院上海生命科学信息中心组建，由创建于1953年的原中国科学院上海文献情报中心和中国科学院上海生命科学创新基地的信息服务支撑单元整合建立。

2003年12月，营养科学研究所正式揭牌成立，由时任全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥与时任上海市市长韩正共同揭牌。

2005年10月，中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所举行成立典礼，时任中科院院长路甬祥与马普学会主席Peter Gruss为研究所揭牌，时任上海市市长韩正出席典礼。

2012年4月，中科院-二军大转化医学研究院成立大会在第二军医大学举行。时任解放军总后勤部副部长秦银河中将与中国科学院副院长张亚平为研究院揭牌，时任中科院上海生命科学研究院副院长李林与时任第二军医大学副校长李捷玮代表双方签署了合作协定。

2016年底，健康科学研究所、营养科学研究所、中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所、中科院-二军大转化医学研究院、中科院上海生命科学信息中心、中科院上海实验动物中心等“三所一院两中心”整合组建设立中国科学院上海营养与健康研究所。

根据2019年2月研究所官网显示，中国科学院上海营养与健康研究所共有在职职工460余人，全职研究组长（PI）58人；有中国科学院院士2人，国家杰出青年科学基金获得者11人，国家“万人计画”科技创新领军人才1人，国家“万人计画”青年拔尖人才2人，上海“千人计画”特聘专家2人，中科院“率先行动”百人计画A类（学术帅才）入选者1人，中科院百人计画入选者29人，国家自然科学基金委优秀青年科学基金获得者7人。

中国科学院院士（名单不全）：李林（专职）

国家“万人计画”青年拔尖人才（1人）：胡国宏

上海市科教兴市领军人才（1人）：李亦学

上海市优秀专业技术人才（1人）：孔祥银

根据2019年2月研究所官网显示，中国科学院上海营养与健康研究所下设五个研究机构。

中科院重点实验室（3个）：中国科学院肿瘤微环境重点实验室、中国科学院营养代谢与食品安全重点实验室、中国科学院计算生物学重点实验室

所属研究机构（2个）：中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所（生物医学大数据与健康管理）、上海生命科学信息中心（生命健康科技智库）

根据2019年2月研究所官网显示，中国科学院上海营养与健康研究所质谱技术子平台有纳升液相色谱-高解析度质谱仪、电感耦合等离子质谱仪、液相色谱质谱联用仪、三级四极桿串联液质联用仪、人体营养代谢分析系统、高分辨液质联用仪、气相色谱质谱联用仪等设备；分子生物学与生物化学技术子平台有萤光定量PCR、实时定量PCR、高通量基因谱分析系统、实时定量PCR、萤光定量PCR仪、高通量萤光定量、多功能酶标仪、萤光定量PCR仪、萤光定量PCR仪、高通量萤光定量PCR、多功能酶标仪、全自动核酸提取仪、长片段单细胞文库构建仪等设备；细胞分析技术子平台有流式细胞分选仪、流式细胞分选仪、高速流式细胞分选仪、多功能分析型流式细胞仪、分析型流式细胞仪、流式细胞分选仪、流式细胞分析仪、流式细胞分选仪、流式细胞分析仪、流式细胞分析仪、单分子监控工作站、间充质干细胞分离培养系统、高速/高解析度活细胞工作站、多维度细胞定量检测系统、微毛细管细胞分析系统、实时细胞代谢分析系统高内涵细胞成像分析仪等设备。

2017年，中国科学院上海营养与健康研究所主动对接上海“科创中心”徐汇科技服务示範区建设；与贵州省贵安新区合作共建了“中国科学院上海生命科学研究院贵安生物医学大数据中心”；与上海交通大学医学院共建“慢病防控与健康促进协同创新中心”实施全面战略合作；携手汤臣倍健等发起成立精準营养科研转化产业联盟；与知名企业共建“中科院上海生科院－贝因美基因与营养联合实验室”；接受上海市商委指定，作为政府第三方建立“上海产业安全监测与预警研究中心”。

根据2019年3月研究所官网显示，中国科学院上海营养与健康研究所同美国、德国、英国、俄罗斯等近30个国家和地区的大学及科研机构开展了合作与交流；并与赛诺菲、联合利华等跨国公司建立了长期的合作关係。2017年，营养与健康院举办了精準健康和精準营养国际研讨会、大数据计算生物学国际研讨会、中德RNA生物学研讨会、Otto Warburg国际暑期学校与RNA专题研讨会等国际会议。2017年，营养与健康院科研人员126人次出访海外开展合作交流，多名研究员在国际重要学术会议上做学术报告；接待海外专家学者来访交流150余人次。

2017年，中国科学院上海营养与健康研究所承担了“干细胞及转化研究”、“精準医学研究”等重大项目，承担各类科研项目契约经费2.8亿元。年内共发表SCI论文338篇，其中第一单位118篇。研究所建有生命健康科技智库，通过发表多篇生物生命领域的战略分析和对策研究文章、发布《2017年π指数报告》、承担生命健康重大情报项目等工作。

2017年2月20日，研究所与中国科学院动物研究所共同完成的“发现精子RNA可作为记忆载体将获得性性状跨代遗传”成果入选科技部2016年度中国科学十大进展。

根据2019年研究所官网显示，中国科学院上海营养与健康研究所有5个二级学科学术学位硕士点及1个二级学科专业学位硕士点，有3个二级学科学术学位博士点。

学术学位授权二级学科硕士点（5个）：生理学、细胞生物学、计算生物学、免疫学、病理学与病理生理学

专业学位授权二级学科硕士点（1个）：生物工程

学术学位授权二级学科博士点（3个）：细胞生物学、免疫学、病理学与病理生理学

根据2019年3月研究所官网显示，中国科学院上海营养与健康研究所有博士生导师54名及硕士生导师5名。

2017年，中国科学院上海营养与健康研究所研究生获奖情况如下：

中国科学院上海营养与健康研究所标识为同心圆，外圈为研究所中英文环形排列，内部为抽象图形，以研究所的英文简称组成了一个抽象的人，表示研究所的研究方向。

进一步推进仪器共享共用及管理机制改革，建设国际领先、具有上海区域特色的人口健康前沿研究公共技术服务平台，通过所级中心技术能力的不断提升，为科研工作的持续发展提供有力的技术支撑与服务。

满足人民美好生活需求，打造国际知名的健康科学与技术中心、人才高地、科技智库和健康产业促进中心，争取早日实现“四个率先”的奋斗目标。