上世纪90年代，40路开通投入运营（莲花二村站←→保税区站）。

2006年07月30日起，40路公车由保税区各自发出方向不变，停靠站点不变，而由各方向线路进入华昌路北段，停靠华美站后拐往悦华路西段进入长岸路至保税区，不再停靠“三航大厦”。

2007年05月26日起，莲花南路原“农行大厦站”更名为“莲花南路站”。同时，莲花南路原“幼稚园站”更名为“莲花幼稚园站”；嘉禾路原“莲花登特口腔站”更名为“莲花路口东站”；嘉禾路原“吕厝天虹商场站”更名为“吕厝北站”；嘉禾路原“新华学知书店站”更名为“仙岳路口站”；南山路原“南山汽车城站”更名为“嘉禾路口站”；华泰路原“灿坤公司站”更名为“华泰路站”；兴隆路原“汇兴建材站”更名为“华盛路口站”；兴隆路原“灿坤公司站”更名为“华泰东站”。

2008年11月28日，40路恢复莲花二村始发，40路往返均恢复原线路运行。

2011年04月22日起，因仙岳路兴山路口左转红绿灯取消，往湖里方向行至仙岳路嘉禾路口，改为左转嘉禾路接原线路运行，往返一致。线路均双向增停：SM城市广场站（嘉禾路），减停：SM兴山路站。

2011年06月23日起，调整40路（莲花二村站←→保税区站）公交线路避行仙岳路（湖滨东路—嘉禾路）路段。莲花二村始发行至莲岳路滨北路口，改为右转湖滨北路，经嘉禾路接原线路运行，往返一致。增停：吕厝西（往莲花方向）、吕厝北、仙岳路口站；减停：屿后南里、屿后北里、仙岳花园、武警支队站。

厦门40路

2011年11月01日起，40路调整运行（莲花二村站←→保税区站）。

1、线路走向：莲花二村始发行至莲岳路滨北路口，改经湖滨北路、长青路、松柏路、屿后路、仙岳路、嘉禾路往保税区。

2、停靠站点：屿后南里、屿后北里、仙岳花园（单向，往莲花）、武警支队站。

3、减停站点：吕厝西（单向，往莲花）、吕厝北、仙岳路口站。

2013年11月19日起，嘉禾路SM路口的公交最佳化调整方案。仙岳路由西往北左转的40路线路，出岛方向，行至仙岳路，改经西浦路、浦屿路、嘉禾路接原线路运行，返程不变。

2014年01月19日起，因轨道1号线施工围挡，仙岳路四向禁左，结合《轨道1号线施工期间公交最佳化保障方案》，公交线路的最佳化调整方案如下：仙岳路由西往北左转的40路线路绕行，出岛方向，行至仙岳路，改经西浦路、屿浦路、嘉禾路（设定左转信号灯）接原线路运行，返程不变。

2014年02月13日起, 因莲岳隧道施工围挡，南山公寓站（双向）需迁移，途经的40路公交线路将进行调整，具体方案如下：途经的40路公交线路，往华泰路方向单向减停南山公寓站；返程改经海天路、华嘉路、南山路接原线路运行，单向减停仙鹭站，增停新的南山公寓站。

2014年02月27日起, 因莲岳隧道施工围挡，原南山疗养院站（双向）均往嘉禾路方向迁移，途经的40路公交线路停靠在新站点。

2014年03月01日起，厦门公交集团公交线路最佳化调整运营方案：40路与130路整合为130路（保税区站←→莲花二村站←→火车站）。

40路（莲花二村站←→保税区站）

上行：莲花二村站始发，经莲花北路、莲花南路、莲岳路、湖滨北路、长青路、松柏路、屿后路、仙岳路、嘉禾路、南山路、华泰路、海天路、长岸路、兴隆路、华昌路、悦华路、长岸路、兴湖路、长岸路至保税区站。

下行：保税区站始发，经长岸路、兴湖路、华昌路、兴隆路、华昌路、海天路、华泰路、南山路、嘉禾路、仙岳路、屿后路、松柏路、长青路、湖滨北路、莲岳路、莲花南路、莲花北路至莲花二村站。

40路 岛内线路 莲花二村站[首班06:25末班22:05]←→保税区站[首班06:25末班22:25]

跨段站点：莲花二村——保税区

票价：上车1元，全程1元，E通卡8折优惠。

莲花二村站→莲花中学站→实验幼稚园站→莲花南路站→莲花路口站→莲岳路口站→长青路口站→屿后南里站→屿后北里站→武警支队站→SM城市广场站→嘉禾路口站→禹洲新村站→康乐站→南山疗养院站→中心国小站→湖里公园站→仙鹭站→特区房地产站→湖里建行站→海天路口站→湖里公交场站→特区纪念馆站→华美站→保税区站

保税区站→三航大厦站→华美站→特区纪念馆站→百乐园站→佳丽花园站→湖里公园站→中心国小站→南山疗养院站→康乐站→禹洲新村→嘉禾路口站→SM城市广场站→武警支队站→仙岳花园站→屿后北里站→屿后南里站→长青路口站→莲岳路口站→莲花路口站→莲花南路站→实验幼稚园站→莲花中学站→莲花二村站