该机场是于1942年始建，1948年7月1日首次有商业航班，并于7月31日正式命名为“纽约国际机场”。1963年11月22日美国总统约翰·甘迺迪遇刺身亡，12月24日机场改名为“约翰·菲茨杰拉德·甘迺迪国际机场”以纪念这位先总统；随后，机场的国际航空运输协会机场代码更新为JFK。

1998年开始建设的轻轨机场捷运系统AirTrain JFK于2003年12月17日开通使用，与纽约捷运及长岛铁路相连。

跑道信息：4条。13R-31L跑道是北美地区第二长的商用跑道，该跑道从2010年03月01日起关闭四个月进行整修工程

甘迺迪国际机场设有9个客运航站楼，各航站以U形格局围绕机场中心区域的停车场、酒店、供电设施等设施。AirTrain和道路均接驳各个航站。第一航站有11个登机闸口。第一航站原为已结业的美国东方航空的枢钮。新的第一航站楼是由四家国际航空公司（法航、日航、大韩、汉莎）联合出资修建并于1998年建成。

甘迺迪国际机场航站楼

第二航站在1962年启用，为布兰尼夫国际航空和西北航空的航站。西北航空和布兰尼夫国际航空被达美航空收购后，航站的使用权转至达美。第二航站有12个登机闸口。达美其望日后能将它旗下的两个航站（第二及第三航站）合併成一个现代化的航站。

1960年，泛美航空在第三航站建造名为世界港（Worldport）的客运大楼。1970年，泛美为波音747客机的启航作扩充。第三航站有17个登机闸口。第四航站是一个能够处理空中客车A380的国际航站。Schiphol Group负责管理本航站，它是首家外国机场管理公司管理美国的机场航站。第四航站是国际抵步航班的枢纽。航站耗资14亿美元兴建，于2001年投入服务。本航站有两个大堂和17个登机闸口。A大堂和B大堂分别有6个闸口和11个闸口。第四航站的AirTrain车站设于大楼内。

机场航站楼内部

第五航站亦称为“环球航空公司飞行中心（TWA Flight Center）”，2008年重建后成为捷蓝航空的新航站。

1970年，National Airlines在第六航站建造有14个登机闸口的客运大楼—Sundrome。2006年6月1日， 捷蓝航空在第六航站设立有7个登机闸口的临时客运大楼。因而提升高航站的航班处理能力。

第七航站原先为英国海外航空和加拿大航空而建。1997年，纽新航港局与英航达成协定，决定扩充本航站。扩充后的航站有12个闸口。

第八航站将全面拆卸，使新的第九航站能全面投入服务。

即塔台。1994年开始运营的97.84米（321英尺）高的塔台，其中包括的国家最先进的通信，雷达，风切变预警系统。

纽约约翰·菲茨杰拉德·甘迺迪国际机场是世界上领先的国际航空货运中心之一。机场有两个货运设施，总计3.99万平方米（43万平方英尺）的仓库和办公区已于2003年开业，并提供最新的货物与设施的设计。

机场提供超过17,000个停车的地方，包括泊车位：多层次的停车场。

甘迺迪国际机场捷运（英文：AirTrain JFK，下称机场捷运）连线甘迺迪国际机场和纽约捷运与长岛铁路，并途经机场所有航站和租车场。乘坐机场捷运往来机场範围的车站均不收费，但前往机场範围以外的捷运站每程收费$5。从甘迺迪机场乘坐机场捷运后，转乘纽约捷运前往曼哈顿中城，或从牙买加站转乘长岛铁路前往宾夕法尼亚车站均需时45分钟。

旅客捷运列车

巴士亦连线甘迺迪国际机场至纽约捷运和长岛铁路的车站，包括Q3、Q6、Q7、Q10、B15及数条接驳捷运站的免费巴士线。这些巴士可供轮椅上落。还有不少私营巴士线提供特快服务来往曼哈顿、哈德逊谷和长岛。

旅客捷运列车

纽约计程车与轿车委员会所营运的黄色计程车开始在2007年起，划一规定从甘迺迪国际机场前往曼哈顿的路程均收费$45（不包括小费及过路费）。这项划一收费（不包括小费及过路费）措施已经在2006年11月30日起，在由曼哈顿前往甘迺迪国际机场的计程车上实施。乘的士前往曼哈顿的路程最快只需25分钟。纽约计程车限载4名乘客；客货车则限载5名乘客。

纽约计程车

机场共有4条跑道（详细信息就参见“机场参数”）。

跑道总长度为14.48千米（9英里）。滑行道总长度为40.23千米（25英里）。所有跑道均具备高强度边灯，中线和出口滑行道灯光，并设有防滑槽，以提高抗震强度和减少飞机打滑。一个45.72-152.4米（150 - 500英尺）的飞机避雷器已安装在4R/22L跑道，是世界上第一个安装避雷器的跑道。

第一航站楼原为已停业的美国东方航空的枢钮，后来拆除。新的第一航站楼在1998年——即甘迺迪国际机场启用50年周年时投入服务。第一航厦航站楼由4家国际航空公司（法国航空、日本航空、大韩航空、汉莎航空）合组的财团联合出资修建。第一航站楼共有11个登机闸口。

达美航空 （见第三航站楼） 达美联繫（Delta Connection)

由肖托夸航空公司（Chautauqua Airlines）飞行：（克里夫兰、哥伦布、印第安纳波利斯、匹兹堡、里奇蒙)

由Comair飞行：（亚特兰大、巴尔的摩/华盛顿、波士顿、水牛城、伯灵顿（佛蒙特州）、芝加哥-奥黑尔、辛辛那提/肯塔基州北部、克利夫兰、哥伦布、底特律、蒙特娄、纳什维尔、诺福克、匹兹堡、波特兰（缅因州）、里奇蒙、罗彻斯特(纽约州）、锡拉库萨、多伦多-皮尔逊、华盛顿-杜勒斯、华盛顿-雷根）

由自由航空公司（Freedom Airlines）飞行：（奥尔巴尼（纽约州）、亚特兰大、巴尔的摩/华盛顿、宾汉顿、伯灵顿（佛蒙特州）、哈特福德/斯普林菲尔德，曼彻斯特（新罕布夏州）、南达科他、诺福克、费城、波特兰（缅因州）、普洛威顿斯、罗利/德罕、里奇蒙、锡拉库萨）。

第四航站楼于1962年启用，有17个登机门。达美航空 （阿克拉、阿尔及尔、阿姆斯特丹、阿鲁巴、雅典、亚特兰大、巴塞隆纳、柏林-Tigel、波士顿、布鲁塞尔、布加勒斯特-奥托佩尼、布达佩斯、辛辛那提/肯塔基州北部、丹佛、都柏林、爱丁堡、劳德代尔堡、法兰克褔、伊斯坦堡尔-Atatürk、基辅-Boryspil、拉斯维加斯、伦敦-格域、洛杉矶、洛斯卡布斯 马德里、曼彻斯特（英国）、墨西哥城、迈阿密、米兰-马尔彭萨、蒙特哥贝、莫斯科-谢列梅捷沃、孟买、尼斯、奥兰多、巴黎-戴高乐、菲尼克斯（凤凰城）、比萨、波特兰（俄勒冈州）、普多幕拉塔、蓬塔卡纳、罗马-费米奇诺、盐湖城、圣迭戈（圣地亚哥）、圣弗朗西斯科（旧金山）、圣胡安(波多黎各）、圣地亚哥（多米尼加）、圣多明哥、圣保罗-Guarulhos、西雅图/塔科马、普多幕拉塔、圣托马斯、坦帕、特拉维夫、威尼斯、西棕榈滩）

达美联繫 （由美国太空梭飞行）：（亚特兰大、奥斯汀、波士顿、达拉斯/沃斯堡）

美国直升机（布里奇波特、曼哈顿下城直升机场、东34街直升机场、纽华克）。

新的第四航站楼是于2001年启用，取代原先于1957年建设的“国际抵达航站”（International ArrivalsTerminal）。共有16个登机门。

爱尔兰航空（都柏林、香侬）

阿根廷航空(布宜诺斯艾利斯-埃塞伊萨）

空中世界航空公司（基辅-Boryspil)

印度航空（德里、伦敦-希斯罗、孟买）

牙买加航空（巴贝多、格瑞那达、京斯敦、蒙特哥贝）

韩亚航空 （首尔-仁川）

大韩航空 ( 首尔-仁川 )

哥伦比亚国家航空（巴兰基亚、波哥大、卡利、麦德林、佩雷拉）加勒比航空(乔治敦、西班牙港)

纽约甘迺迪国际机场

大陆航空 （休斯顿-乔治布希洲际） 大陆连线由CommutAir飞行：（克利夫兰）

巴拿马航空 （巴拿马城）

捷克航空（布拉格）

埃及航空(开罗)

以色列航空 （特拉维夫）

阿联航空(杜拜、汉堡、雅典）

Eos航空公司 （伦敦-坦斯特德）

阿提哈德航空 (阿布达比)

欧洲飞行航空公司（博洛尼亚 【季节性定期】、那不勒斯 【季节性定期】、巴勒莫市 【季节性定期】、罗马-费米奇诺 【季节性定期】）

flyglobespan (Knock、利物浦)

Israir （特拉维夫） 捷蓝航空 （坎昆【抵步】、圣胡安（波多黎各）、圣地亚哥（多米尼加）【抵步】、圣多明各 【抵步】）

荷兰皇家航空(阿姆斯特丹)

科威特航空 (科威特城、伦敦-希斯罗）

智利国家航空 （利马、圣地亚哥）

厄瓜多国家航空 （厄瓜多）

波兰航空公司 （克拉科夫、热舒夫、华沙）空运国际 （杜塞道夫）

美国纽约甘迺迪国际机场候机楼

墨西哥国家航空 （墨西哥城）

迈阿密国际航空【包机服务】

北美航空公司（阿克拉、乔治敦、拉各斯、蒙特哥贝、蓬塔卡纳）

西北航空 （底特律、明尼阿波利斯/圣保罗）

巴基斯坦航空 (伊斯兰玛巴德、喀拉蚩、拉合尔）

Constellation Charter Group 由Primaris航空飞行： （乔治敦、西班牙港） 【包机服务】

约旦皇家航空 (安曼)

新加坡航空(法兰克褔、新加坡）

南非航空 (达喀尔、约翰内斯堡)

太阳国家航空 （明尼阿波利斯/圣保罗（美国））

中美洲航空 (瓜地马拉市、圣佩德罗苏拉、圣萨尔瓦多）Lacsa （圣荷西（哥斯大黎加))

TAM Linhas Aéreas （圣保罗-Guarulhos)

乌兹别克斯坦航空 （里加、塔什乾）

维珍航空（伦敦-希斯罗）

奇摩航空 （乔治敦、西班牙港）

中国南方航空（广州）

厦门航空 (福州）

中国东方航空 ( 上海-浦东、福州 )

海南航空（重庆）

第五航站楼现有26个登机门。

1962年启用。于2008年翻修后重新投入运营。

第六航站楼有14个登机门。

捷蓝航空 （阿瓜、阿鲁巴、奥斯汀、百慕达、波士顿、水牛城、伯班克、伯灵顿（佛蒙特州）、坎昆 【离境】、夏洛特、芝加哥-奥黑尔、哥伦布、丹佛、罗德岱堡、麦尔斯堡、休斯顿-哈比、杰克逊维尔、拉斯维加斯、长滩、南塔克特 【季节性定期】、纳什维尔、拿骚、纽奥良、奥克兰、安大略、奥兰多、菲尼克斯（凤凰城）、匹兹堡、莱昂、波特兰（缅因州）、波特兰（俄勒冈州）、罗利/德罕、里奇蒙、罗彻斯特（纽约州）、沙加缅度、盐湖城、圣地亚哥（圣迭戈）、圣弗朗西斯科（旧金山）、圣荷西（加州）、圣地亚哥（多米尼加） 【离境】、圣多明各【离境】、萨拉索塔/布雷登顿、西雅图/塔科马、锡拉丘兹、坦帕、图森、华盛顿-杜勒斯、西棕榈滩）

第七航站楼有12个登机门。

加拿大航空 （卡尔加里、温哥华）

全日空 （东京-成田、东京-羽田) 英航 （伦敦-希斯罗、曼彻斯特）国泰航空(香港）

西班牙国家航空 (马德里)

冰岛航空 (雷克雅未克-基夫拉维克）

澳大利亚航空公司 （悉尼）

联合航空 （洛杉矶、圣弗朗西斯科（旧金山））

联航快捷 (US Express) （由梅萨航空公司飞行）：（华盛顿-杜勒斯）

全美航空 （由美国西部航空公司飞行）：（拉斯维加斯、菲尼克斯（凤凰城））

全美快捷航空 (US Airways Express) （由梅萨航空公司飞行）：（夏洛特）

第八航站楼有15个登机门。

美国航空 （百慕达、达拉斯/沃斯堡、迈阿密、圣胡安（波多黎各）、圣迭戈（圣地亚哥）、西雅图/塔科马）

第九航站楼有10个登机门。

美国航空 （阿鲁巴、巴贝多、布鲁塞尔、布宜诺斯艾利斯-Ezeiza、坎昆、加拉加斯、芝加哥-奥黑尔、金斯敦【季节性定期】、拉斯维加斯、伦敦-希斯罗、洛杉矶、洛斯卡布斯、Montego Bay、巴黎-戴高乐、太子港、普罗维登、Punta Cana、普拉塔港【季节性定期】、里约热内卢-加利昂、罗马-费米奇诺、圣基斯、圣露西亚、圣马丁岛、圣托马斯、圣迭戈（圣地亚哥）、圣弗朗西斯科（旧金山）、圣地亚哥（多米尼加）、圣保罗-Guarulhos、圣多明各、东京-成田、苏黎世）

美鹰航空 （波士顿、巴尔的摩/华盛顿、芝加哥-奥黑尔、克利夫兰、哈利法克斯、蒙特娄、罗利/德罕、圣路易斯、多伦多-皮尔逊、华盛顿-雷根）

芬兰航空 (赫尔辛基)

匈牙利航空 （布达佩斯）

2015年，摄影师Max Touhey惊叹于建筑师Eero Saarinen超现实主义的设计风格，拍摄了一组照片记录“被冻结的时空下存在的航站楼”。(此处站楼于2001年关闭不再向公众开放。)