纳豆芽孢桿菌通常为（0.7-0.8）um×(2.0-3.0)um,革兰氏阳性。生长在葡萄糖琼脂的细胞原生质染色均匀。芽孢椭圆形或柱状，中生或偏中生，即使孢囊膨大，也不显着，有鞭毛，能运动。生长温度最高位45-55℃，最低为5-20℃。孢子耐热性强。

纳豆芽孢桿菌是从纳豆製品中或从自然界的稻、谷上面分离得到。日本传统的做法是把煮熟的大豆趁热装在用稻草做成的器皿里，利用稻草上附着的纳豆菌自然发酵而做成的。用这种方法做成的纳豆中，除了纳豆菌以外，还含有其他杂菌，不仅卫生不过关，而且质量也不好。孢子型纳豆菌是具有耐酸、耐热特性的有益菌，在胃酸下四小时存活率为100%,同时具有强力的病原菌抑制能力，是各种益菌当中，对环境耐受力最好可以直达小肠的菌种之一，口服后可改变人体肠道菌丛生态，帮助消化道机能正常化，以使排便顺畅，维持体内生理环保。可以产酸，调节肠道菌群，增强动物细胞免疫放应。并能生成多种蛋白酶（特别是硷性蛋白酶）、糖化酶、脂肪酶、澱粉酶，降解植物性饲料种某些複杂的碳水化合物，从而提高饲料的转化率。

利用纳豆菌可以製造纳豆。因纳豆菌是嗜氧菌,接触空气是很重要的。纳豆菌在通过吞噬大豆蛋白来繁殖的时候，产生出的无数酵素纳豆激酶和维生素K，具有神奇的药效，可以治疗三高（高血糖，高血压，高血脂）和溶解血栓的作用，而且还能产生出胺基酸的美味。纳豆常配入海鲜酱油、芥末等调味料直接食用，也可烹製各类菜餚。纳豆需要冷藏保鲜，保质期一般在7~10天。近几十年来，随着纳豆的有益健康的功能不断被发现，纳豆在日本风靡全国，不断掀起“纳豆热潮”。