1999年，哈工大名列国防科工委、教育部、黑龙江省3方共建的9所国家重点大学之一（985第一批）。为支持我校创办世界一流大学，省、市政府决定将北临一匡街和文政街、南临和兴路、西临苗圃街、东侧是王兆新村居住小区、占地面积35.96公顷的哈尔滨动物园划归给我校，规划总建筑面积为15万平方米的学科融合、布局合理的新型科学园。经过一段时间沸沸扬扬的争论和反覆论证，动物园搬迁方案终于敲定，动物园中的动物陆续搬迁。在社会公众和全校师生员工的密切关注下，科学园开始规划建设。

2002年9月1日科学园一期工程正式启动以来，在方方面面的配合下，建设工程进展迅速，建筑面积5万平方米的全部一期主体工程于2003年10月圆满结束，部分研究所和实验室开始陆续进入科学园进行设备安装。同时，建筑面积为10万平方米的科学园二期工程于2003年8月进入了準备阶段，于2004年4月1日开工建设、全部工程于2005年7月30日交付使用。

科学园现有一期工程複合材料研究所，空间光学研究中心、微纳米研究中心、卫星技术研究所，特种陶瓷研究所、低温与超导技术研究所、机器人研究所、超精密光电仪器工程研究所，控制与仿真研究中心与空间控制与惯性技术研究中心等10家国家重点科研项目研究基地，二期工程光电子所、可调谐雷射实验室、测控技术研究所、微电子研究所、通信技术研究所、微波技术研究所，深空探测研究所，电动车研究所、空间碎片超高速撞击研究中心，目标仿真与光学实验室，生命科学研究所，数位化製造与控制技术研究中心，凝聚态科学与技术研究所，管理学院MPA（MBA）教育中心、国际经贸关係学院、国际会议中心等科研机构。

科学园还有哈工大航天馆，南苑餐厅，学生公寓（A17公寓）。