在文昌鱼的口笠内背中央纵行沟的前端的一个窝状结构，即为哈氏窝。通过免疫细胞学的研究以及电镜结构的观察可以证明哈氏窝与脊椎动物的脑下垂体属于同一来源的结构（同源结构）。

文昌鱼内部结构

哈氏窝上皮细胞产生促性腺激素释放激素，具有原始的激素调节功能。