周亚君曾被上海申花青少年训练体系选派到巴西留学，不过回国后由于队内守门员众多，而周亚君又被上海东华大学正式录取，最终申花决定允许他加入东华大学校队。周亚君参加了包括五人制足球在内的很多大学生比赛，帮助球队夺得了全国大学生足球联赛冠军，并获得最佳门将。他也成为中国职业足球界极少数在职业生涯期间进入大学学习的球员之一。

2006年，周亚君被召回上海申花成为第三门将。06赛季中期，前国门刘云飞被俱乐部停赛停训停薪、永不启用，另一名前国门虞伟亮又因状态原因被下放预备队，因此在申花俱乐部和主教练吴金贵的大力提拔下，训练刻苦努力的周亚君成了申花队06赛季后半程的绝对主力，并以自己的表现帮助球队在联赛后12轮取得7胜5平保持不败。

2007年，申花与联城合併，并获得了包括王大雷、张晨在内的多名门将，周亚君返回预备队。2008年，他转会至河南建业。

2008赛季，周亚君转会至河南建业。那一年，他作为正选门将，经历了建业队的大部分比赛。儘管在前几场发挥不佳，但后面越打越好，为建业队成功保级立下汗马功劳。2009赛季，曾诚到来后，亚君便成为第二门将。虽然连续多年做替补，但他一直认真训练，不过后因伤病差点选择了退役。最近两个赛季，亚君的冬训都非常出色，但一直没有出场的机会。上赛季开战前，建业在上海与山东鲁能热身，面对鲁能的强力进攻，周亚君力保城门不失。在众多热身赛上，他的表现也很稳定。原建业守门员教练哈威评价，亚君头脑清醒，技术动作一流，绝对具备中超门将的能力。

2013年老队长陆峰受伤，建业队长的袖标戴到了门将周亚君的胳膊上。来建业已有5年的周亚君说：“我会向陆队学习，带领建业队打出咱们的精气神。”

台北时间2016年2月3日，深圳市足球俱乐部官方正式宣布，与前河南建业队员周亚君签约。2016赛季中甲联赛，周亚君将身披深足簕杜鹃战袍为深圳而战。

周亚君是中国足球界极少数在职业生涯期间进入大学学习的球员之一，不但会说国语、上海话、英语、葡萄牙语，还会说河南话。所以，他在场上的指挥别具特色，各种语言都有，不知道的人还以为建业请了个外国守门员。

作为队长，亚君表示身上的担子更重了，“不但要打好比赛，而且在生活和训练中要以身作则，团结好球队，现在知道陆队的难处了。”

在2005年5月30日举行的大学生五人制足球联赛中，周亚君胆大，不畏惧对手近距离的大力施射。周亚君在门线前不停地指挥队友的跑位，并多次作出精彩扑救力保自己的球门在39分钟里仅失一球。（新浪网评）