吕马童出身不详，历史学者李开元将其归入秦人。

汉元年（公元前206年），吕马童在好畤（今陕西乾县东）以郎中骑将加入刘邦阵营，参与过汉四年十一月（公元前204年11月）的汉灭龙且之战，累升至骑司马。汉五年十二月（公元前203年12月）参加垓下之战，西楚霸王项籍自刎于乌江亭后，他与郎中令王翳、郎中骑杨喜、郎中吕胜、杨武共同分割项籍尸体，因功受封中水侯（河北省河间市龙华店乡邵洪店二村）。

汉文帝十年（公元前170年）去世，谥号庄侯。（谥法：“屡征杀伐曰庄”，后避汉明帝刘庄讳，改为“严”）

【一世】正月己酉封，庄侯吕马童三十年薨。

【二世】孝文十年，夷侯吕瑕嗣，三年薨。

【三世】十三年，共侯吕青眉嗣，三十二年薨。

【四世】建元六年，靖侯吕德嗣，一年薨。

【五世】元光元年，侯吕宜城嗣，二十二年，元鼎五年，坐酎金免。

【七世】元康四年，吕马童玄孙之孙长安公士吕建明诏复家。

《史记·项羽本纪》记载，项籍在兵败身死之前，曾称吕马童为“故人”。随后自刎将头颅送给吕马童去领赏。不过两人是怎幺相识的，关係如何，史书并没有明确记载。