2002年由吉尔吉斯斯坦国立民族大学正式更名为吉尔吉斯斯坦民族大学。

学校现设有：数学信息学与控制论系、物理学与电子学系、化学与化学工艺系、地理学与地理生态学系、生物学系、历史学与宗教学系、新闻系、吉尔吉斯斯坦语文学系、俄罗斯与斯拉夫语文学系、信息与交通工艺系、欧亚创新工艺系、外语系、社会人文科学系，商务管理学院、经济与财政学院、法学院、师範人才培养学院及国际教育项目一体化学院，此外还设有体育教育及健康中心、继续教育中心等。同时学校还开设有本科、硕士及博士相关专业，如：数学、数学分析、理论物理学、光学、电子物理学、无机化学、有机化学、化学分析、动物学、植物学、生理学与生物化学植物、生态学、系统管理分析与信息处理、社会经济系统管理、刑法与犯罪学、国际法、金融法与行政法、考古学、人类学、民族学、金融货币与信贷、会计学与统计学、宗教学、人类哲学与社会哲学、新闻学、言语理论、俄罗斯文学、外国文学、教育心理学、社会心理学、历史文化理论、经济学与社会经济管理等。吉尔吉斯斯坦民族大学现已成为吉尔吉斯斯坦共和国综合性人才的重要培养基地。