吉尔吉斯斯坦于1991年独立。1992年吉尔吉斯斯坦足球协会（Football Federation of the Kyrgyz Republic）成立，并于1994年加入国际足联。

2006年，吉尔吉斯斯坦队杀入亚足联挑战杯半决赛。

2009年与高洪波带领的中国国家足球队进行过一场友谊赛，0-3负于中国队。

2015年11月17日，2018年俄罗斯世界盃亚洲区预选赛40强赛B组第二轮，吉尔吉斯斯坦足球国家队主场1比0战胜约旦队。以11的积分位列澳大利亚和约旦之后，排名第三。最终，吉尔吉斯斯坦队在世预赛亚洲区40强赛B组比赛中，8战4胜2平2负积14分居小组第三无缘出线。

吉尔吉斯斯坦国家队

2019年亚洲杯的预选赛，A组吉尔吉斯斯坦与印度携手晋级亚洲杯决赛圈。2019年阿联亚洲杯抽籤，吉尔吉斯斯坦与韩国、中国、菲律宾分在C组。2018年12月27日，吉尔吉斯斯坦足协公布了亚洲杯最终的23人名单，中场核心伯恩哈特领衔，旅德前锋卢克斯入围。

2019年阿联亚洲杯首战，亚洲杯新军吉尔吉斯斯坦1-2被中国国家足球队逆转。第42分钟，阿赫利丁·伊斯拉伊洛夫为吉尔吉斯斯坦打进亚洲杯历史首球。小组赛第二轮，吉尔吉斯0-1负于韩国国家足球队。小组第三轮，凭藉维塔利·卢克斯的帽子戏法，吉尔吉斯斯坦3-1胜菲律宾国家足球队。以4个成绩最好的第3名球队之一晋级16强。在亚洲杯1/8决赛，吉尔吉斯斯坦面对东道主阿联，两度落后情况下凭藉米尔兰·穆尔扎耶夫和图尔苏纳利·鲁斯塔莫夫的进球将比赛带入加时，加时赛中吉尔吉斯斯坦队先是被哈利勒打进点球，又在补时阶段射中横樑，最终2-3惜败阿联，止步16强。