澎湖群岛在台湾日治时期初期一度有法院之设，1895年10月7日，日本政府以军事命令发布“台湾总督府法院职制”，依据该命令，设有台湾总督府法院澎湖岛支部，以管辖澎湖群岛之司法事务。

1896年，台湾改行民政，总督府以律令第一号公布“台湾总督府法院条例”，该年依该条例曾成立澎湖岛地方法院，惟1898年7月19日总督府改正“台湾总督府法院条例”时，将全台地方法院整并为三座，澎湖群岛之司法案件皆归台南地方法院管辖，当时设有台南地方法院澎湖出张所，惟仅受理不动产登记事项，其余案件仍归台南地方法院审理。

其后澎湖群岛之司法案件又于1933年3月15日后归台南地方法院高雄支部；1940年12月20日后又归高雄地方法院所辖，澎湖出张所亦更名为高雄地方法院澎湖出张所。其后至二次大战后，国府接收台湾时，澎湖群岛之司法案件仍归台湾高雄地方法院审理。

然澎湖群岛毕竟孤悬海外，诉讼当事人若欲赴高雄出庭，往返之间，十分不便，是当时政府即于1949年12月26日，设立该院，以兹便民。次年（1950年）开始受理民刑事及非讼事件。

该院成立之初原租民房并加以整修成为办公处所，后因觅得新地，遂于1953年10月16日动工兴建新院舍，1954年3月20日落成并迁入办公，该院舍即位于今址所在地。

后复因业务增多，有改建院宇之必要，因此于1975年9月动工重建，次年（1976年）完工。

近年来该院院舍因盐害的关係，壁癌严重，每逢下雨则漏水，致又有另建新院区之筹划，目前已竣工，该院即将进驻使用。

台湾澎湖地方法院管辖澎湖县7个乡镇市。

下设马公简易庭，受理第一审民、刑事诉讼简易事件及违反社会秩序维护法案件之审理。

该院辖区土地面积仅约127平方公里，人口亦仅9万余人，是台湾高等法院及其分院辖下面积最小及人口最少的地方法院。