台湾海峡海流的流向夏季比较稳定，从表层到底层，绝大部分为东北向海流，与夏季风的西南风向一致，此时流速较强，以20m层为例，海峡西侧，流速为20～45cm/s；海峡中部附近，流速为16～40cm/s；海峡东侧，流速为20～60cm/s。靠福建沿岸北上的为东海沿岸流(或称浙闽沿岸流)。沿岸流外(东)侧为南海暖流延伸到台湾海峡的部分，并经澎湖水道北上，可称南海暖流续流或台湾海峡暖流(管秉贤，2002)。澎湖水道以北的台湾西岸也为北上的海流。

冬季，台湾海峡盛行东北风，风力强劲，整个海峡的表层流为西南向流。福建沿岸的浙闽沿岸流由东北转向西南，与风向相同。在海坛岛附近，此沿岸流的一部分常折向东南而流入台湾海峡中线；其余部分可达东山岛附近，在东北季风强劲的时候，可南伸与广东沿岸流衔接(管秉贤，2002)。在浙闽沿岸流的外(东)侧，表层的西南向漂流之下为东北向的。南海暖流续流。或台湾海峡暖流。事实上，在表层以下，台湾海峡的深层流是稳定的，一年四季其主体都向东北流动(张以恳等，1991)，流速大体上是春、夏季比秋、冬季的要大。但这些北向流的水体并不一定来自南海，而很可能来自浙闽沿岸流的循环(Chen and Sheu,2006)。