实验室依託于四川大学华西口腔医学院和武汉大学口腔医学院,2002年1月年通过教育部批准设立并正式向国内外开放。口腔生物医学工程教育部重点实验室具有从事现代口腔医学基础及临床学科各专业基础和套用研究的技术力量和先进的设备条件，是科学研究及研究生培养的重要基地。口腔生物医学工程教育部重点实验室现设有口腔微生态学，口腔生化与分子生物学，组织与细胞工程，口腔生物材料学、口腔生物力学、口腔免疫学、口腔医学信息学七个专业实验室。