该建筑具有浓厚的民族特色，占地面积5658平方米，建筑面积3104平方米，大门朝东，由内殿、外殿、宣经厅、厢房、宣礼楼、大院等组成。进口处屹立着由34间房屋组成，配有15扇窗户，梯型的三屋宣礼楼。

高大的宣礼楼大门宽4米，高403米。在宣礼楼进口处的拱型走廊的两壁，书写有《古兰经》选段。在宣礼楼大门两侧屹立着高大、雄伟、美观的两个塔，在这两个大塔的两侧，有高低不一的四个塔，如同在相互攀比。该塔下粗上细，其上雕刻有精美的图案。在宣礼楼上面，设有重400公斤用铝铜铸造的绿色新月模型。

从大门进入清真寺大院，大院西面有用铁栅栏隔离的大礼拜殿分内殿、外殿，进殿大门等三个部分。由每排18根的3排钢管顶柱顶着四孔内殿殿顶。在正中央，设有下为正方形、上为拱型的领拜坊，其两侧装饰着彩色雕刻。内殿前面和两侧的七孔大棚为外殿。在外殿有高6米，呈正方形排列的68根钢管顶柱，顶着木板结构的殿顶，可容纳5000多名穆斯林民众在这里做礼拜.博斯坦清真大寺，不愧为维吾尔建筑工艺的典範之一。