公司机关内设机构：
办公室、党委办公室、人力资源处、财务审计处、经营发展处、安全处 、机务材料处、督察处、后勤处、保卫处、纪检监察室、工会
二级单位：
营运公司（5个）：
营运一分公司：南阳市新华西路

营运二分公司：南阳市信臣路

营运三分公司：南阳市人民路

营运六分公司：南阳市长江路

营运九分公司：南阳市杜诗路

经济实体（4个）：
计程车公司：南阳市长江路
广告公司：南阳市人民路
汽车修理厂：南阳市人民路
驾驶员培训中心：南阳市长江路

实行无人售票，K2路、K5路票价2元，其他线路票价1元，刷卡85折。

一、卡种设定：设定成人普通记名卡、小学生卡、夕阳红卡、拥军卡、残疾人卡五种。
成人卡：办卡对象不限，乘车享受原票价八五折，可跨年跨月使用，一人持卡，多人同时乘车刷卡，可挂失，不可退卡。
小学生卡：只限本人使用，需附持卡人照片，乘车享受五折优惠，可挂失，不可退卡，每年在（7月1日—9月1日）进行年检。办理和年检时需要提供持卡人学生证、学校证明、户口本。
夕阳红卡：该卡分金、银两种。办理对象为市区常住人口（含卧龙、宛城、高新三区）且符合以下条件，金卡使用者须年满70周岁以上，购买车厢人身意外险，每月免费乘坐70次，超出次数购票乘车，当月不足70次不逐月累计。银卡办理对象为年满60周岁以上，车厢人身意外险自愿购买，充值后半价乘车。金、银两种卡只限本人使用，须附照片，不可退卡。年检时间为每年11月1日—12月31日。丢失的夕阳红卡只能在规定月份办理，其他月份不予办理。
拥军卡：携带身份证、退伍证、军残证、抚恤金证的退伍伤残军人办理拥军卡可享受常年免费乘车政策。每年需在规定时间年检。

助残卡：持有第二代《中华人民共和国残疾人证》，且具有南阳市户籍、需要乘坐南阳市公共运输总公司公车的残疾人。

轩辕通卡：全国互联互通卡，可在纳入交通联合平台的城市公共运输工具上使用，办卡无需身份证明，不可挂失，不能补办。

二、办卡费用
初次办卡收取12元折旧费，补卡费用相同。

本表首末班时刻来源于实时公交软体手机公交。注：手机公交上的首末班时刻偶尔会有微调，本表会儘早更新。

由于种种原因，南阳公交站牌上的首末班时刻与实际相差较大，本表不以其为参考。

2019年5月11日更新。

1972年11月21日，在公共汽车队的基础上，正式成立南阳市人民汽车公司，位于人民路中段西侧，全民所有制单位，隶属市城市建设局，有车辆16辆，人员121人，营运线路6条，线路长度为70公里。
1980年，改名为南阳市公共汽车公司，拥有车辆28辆，营运线路9条，线路长度为242公里。
1985年12月，拥有职工285人，车辆40辆，营运线路13条，线路长度为473公里。
1990年，新建并启用新西停车场，位于新华西路国际饭店对面，同时成立劳动服务公司。
1986年至1994年，依託南阳市城市建设的发展，南阳市公共汽车公司得到稳步发展，南阳市公共汽车公司服务的重点由市区和市外民众转向以服务城区居民为主，与此相适应，市公共汽车公司经营的长途线路逐步被取消，新开线路主要以城市建成区为主。
1994南阳撤地设市之后，南阳市公共汽车公司归属于南阳市城乡建设委员会。随着城市建设的发展，南阳市公共汽车公司进入快速发展期。

1995年，南阳市公共汽车公司成立南阳出租汽车公司，集资购进31台计程车投入营运。
1997年新购40辆公车投入营运，同时实施準无人售票的票制改革。
1999年筹建白河南公交停车场，位于长江路中段。

1999年至2000年陆续新购87台公车，开通8条公交线路.
2000年白河南公交停车场建成启用，同时成立公交六分公司。
2001年建成启用独山大道公交停车场（原东环公交停车场），同时成立公交九分公司。

2002年建成启用北环公交停车场，原二分公司从新西停车场搬出，迁至北环公交停车场。
2005年8月更名为南阳市公共运输总公司。2005年9月，国务院办公厅转发建设部等部门关于优先发展城市公共运输意见的通知（国办发【2005】46号），为公共运输事业的发展提供了有了保障。
2006年12月，建设部、国家发改委、财政部、劳动和社会保障部联合下发《关于优先发展城市公共运输若干经济政策的意见》（建城【2006】288号），为城市公交的发展提供政策支持。同年，南阳市人民政府下发了《关于优先发展城市公共运输的意见》（宛政【2006】37号），为南阳市公共运输事业的发展奠定了基础。
2007年8月，河南省人民政府办公厅转发省建设厅等部门关于优先发展城市公共运输实施意见的通知（豫政办【2007】87号），为河南省公共运输事业的发展指明了方向。
2010年3月，根据南阳市机构改革精神，南阳市公共运输总公司整体移交至南阳市交通运输局管理。

2010年5月，新增100台计程车，政府採购100台公车。

2011年5月，南阳市公共运输总公司由部门企业升格为市管企业，由正科级规格升格为副处级规格，南阳市公共运输事业进入到新的发展机遇期。
仅2008年以来，市财政累计筹资1.16亿多元，购置350台公车，其中更新老旧车辆250台，有力的提高了我市城市公交的整体运营能力。
2011年9月1日，市财政投入、公司自筹资金共合计200多万元，上马公交IC卡收费系统，实现了广大市民乘车刷卡的愿望，提升了城市服务水平。

2012年公交备战农运会期间，市财政筹资4600万元，购置100台新能源空调公车，市财政投资1000万元，上马智慧型化调度管理系统，更新、改造156个公交站点候车亭，使公交服务能力大幅度提升，出色的完成了农运会的交通运输保障任务。车辆总数达到453台。

2012年8月17日，新开通13路，14路，24路，25路，27路。

2012年11月，公司举办了“南阳公交成立40周年”庆典活动。

2012年5月至2013年11月，按照市政府的要求，在市交通运输局的具体指导下，实施了“三改两建”工作。结合公交实际，依据稳步实施、重点突出的原则，按照先工资分配后机构人事、先基层后机关、先关键岗位后辅助岗位的方式方法稳妥推进公司改革工作。同时，制定完善公司的各项规章制度和岗位职责。形成了以制度管人、以制度管事的新局面。

2015年1月，100台混合动力公车上路。

2015年6月2日，新开通28路。

2015年9月22日，100台混合动力公车上路。

2015年12月26日，新开通30路。

2016年9月29日，200台混合动力公车上路。

2016年10月29日，新开通31路。

2016年11月25日，南阳市城乡规划局、交通运输局组织召开了《南阳市城市公共运输规划（2016—2020）》专家评审会。会议由交通运输部科学研究院、深圳市都市交通规划设计研究院有限公司、河南省城乡规划设计研究总院有限公司、南阳市国土资源局、南阳市规划设计院等部门专家组成专家评审委员会。南阳市政府办公室、市发改委、市规划局、市国土局、市财政局、市公安局、市交通运输局、市城管局、市住建委、宛城区政府、卧龙区政府、高新区政府、城乡一体化示範区管委会、鸭河工区管委会、官庄工区管委会、市公交总公司等相关部门代表参加了会议。会议提出了四个方面的修改意见，专家评审委员会同意该规划通过评审。

2016年12月1日，新开通33路、35路。

2016年12月28日，新开通32路、34路。

2017年6月10日，新开通37路。

2017年2月7日，星凯龙牌纯电动公交投放9路。

2019年4月28日新开通38路、39路、40路、41路。

2019年4月28日南阳洛特斯青年汽车72台氢能新公交上线运营，服务南阳世界洲际月季大会！

2010年10月上路，50台。

2010年10月上路，50台。

2012年8月上路，36台。

2012年8月上路，60台。

2015年1月上路，100台。

2015年9月上路，31台。

2015年9月上路，69台。

2016年9月上路，38台。

2016年9月上路，162台。

2017年12月上路，400台。

2019年4月上路，72台。

2002年及2005年上路，2015年10月退役。

2008年上路，2015年10月退役。

2010年1月上路，2017年3月退役。

2010年1月上路，2017年3月退役。

2012年8月上路，2017年5月退役。