南竿机场原为军方空投物资之小型机场，于1997年12月31日经"行政院经建会委员会"决议同意办理“马祖南竿机场新建工程”计画，请交通部督导民航局在安全、经济、实用之原则下妥为规划后，委由国道新建工程局兴建。本计画于2002年12月完工，并于2003年1月23日正式营运启用。马祖距台湾本岛甚远，海运时间较长，因此马祖地区自南竿机场启用，对外交通渐以空运为主。

南竿机场是马祖空中交通的最大门户，较多的航班在南竿机场起降，在南竿机场有两家航空公司，一家是立荣航空,飞行 松山 南竿 及 台中 南竿的航线，另一家是中兴航空，主要是飞行马祖列岛的离岛航线。

飞马祖的飞机都是小飞机，空间不是很大，稍大的行李都要託运。

南竿机场的班次比北竿多，主要是往返台北，但也有飞台中。

机场内有旅客服务中心，机场餐厅，马祖名产展售等，南竿机场常因天候关係关场,因此搭机前，先行打电话确认班机是否有起飞。

2003年1月23日正式营运启用的马祖南竿机场届满四周年，旅客搭乘数已突破70万人次，货运载货量也高达1500公吨。

营运届满四周年的南竿机场，启用至今也已将马祖主要对外交通，从以往的海运转为空运。据南竿航空站统计数据显示，由南竿往返台北、台中航线旅客运量2003年为143,850人次，货运量为251公吨。2004年为203,861人次，货运量为310公吨。2005年为190,504人次，货运量为296公吨。2006年为180,390人次，货运量为688公吨。2007年1月1日至23日止为8,043人次，货运量33公吨。营运四年旅客人次总计726,648人，货运量1558公吨。

这持续成长的载客数，也让南竿——台北航线在2006年立荣航空公司台湾各航线载客率高居第三，仅次于台东——兰屿及台南——金门航线，相较台湾本岛几条载客率较低的航线，离岛地区航线未来应该还是属于航空公司眼中的热门航线。