寺依山面水，素为南台游览胜地。南宋初谏议大夫洪刍(字驹父，江西人)、将士郎黄乾(字直卿，闽县人)、元代汀洲知事陈阳至(字子善，福宁川人)、明代诗人曾垣(闽县人)等均到寺瞻礼，并留下纪游诗篇。　 清道光年间(1821～1850年)，寺曾重修，并种有千叶莲花。鹹丰年间(1851～1861年)，南台诗人翁时农(字莘老)来游，留有《南禅寺有怀旧遇》：“桃花依旧径通幽，垩棹新修四十秋(注：寺为先严道光间重修，有千叶莲花)，竽火一龛听早课，茶烟半榻活前游。重逢老佛犹青眼，相识雏僧欲白头。贾岛呈诗余兴在，撞钟久未上层楼。”光绪三十年(1904年)十月，福州私立开智高等国小堂设在寺内，殿堂诸佛像，多被封藏。翌年，民众因寺院办学，妨碍宗教活动，发生捣毁校舍、殴伤教师、逼迁学校的事件。后通过法律手段，确定整座南禅山与南禅寺均拨归学校使用，纠纷才告解决。民国后，开智国小附设初级中学，民国6年(1917年)，由于附近发生火灾，南禅寺毁于火中。后开智学校在寺之废墟上重建校舍。1954年，改为福州市第十四中学。