南海舰队司令部，驻地广东省湛江市，是南海舰队四大领率机关之一（其余三大部为：政治部、后勤部、装备部），为正军级单位，负责舰队所属部队、机关的日常行政管理、军事训练和战备执勤，是南海舰队的军事指挥机关，有作战、训练、通讯、情报、军务、直工、办公室等专业处室，下辖通讯站、气象台、指挥中心等直属部分队。司令部参谋长是部队首长，对部队的军事行动有指挥权。