在中华民国政府架构中，为县自治的行政机关。由于1998年台湾省政府业务精简（虚级化），台湾省不再作为“地方自治法人”并改为行政院派出机关，因此自治监督机关改为内政部。同时南投县政府也是辖下乡、镇、县辖市的地方自治监督机关。