南投之地名译自平埔洪雅族南投社社名，该社社名，初见于康熙三十四年（1695年）修之台湾府志。其社名系与同族阿里坤支族之北投社对称之，因在北投社之南。诸罗县誌所载：“东为南投山，内社二，溪南（猫罗溪）为南投，溪北为北投。”

南投市在南投县的位置图

南投街区的形成在乾隆中叶之前。自乾隆二十四年（1759年）设南投县丞于南投街，隶属彰化县。日治时期历经台湾民政支部彰化出张所、台中县南投堡、南投厅南投堡（厅治设于此），至1920年设定南投街，划归台中州南投郡。

战后初期改为台中县南投区南投镇；1950年又调整台湾行政区域调整，实行小县制，南投设县，并撤废区署，改为南投县南投镇；1957年7月1日台湾省政府迁至中兴新村，南投市遂为省府所在地，1981年“南投镇”升格为县辖市，并改称为“南投市”，是南投县唯一的县辖市，为南投县之政治中心。

光复后全镇成立30里 1958年从营北里划出光荣里、光华里 1961年从草屯镇山脚里划出部份地区于光华里 1964年从内兴里划出光明里 1969年从光华里划出光辉里 1961年由草屯镇山脚里划出区域 1974年 武东里改称永兴里，并调整部分区划 武西里改称福山里，并调整部分区划 1978年 西岭里改称凤鸣里，并调整部分区划 凤呜里改称凤山里，并调整部分区划 目前共有34里

南投市东以蜈蚣侖与中寮乡毗邻，西接八卦山脉与彰化县员林镇、社头乡为界，北接草屯镇，南邻名间乡，全市面积71.2063平方公里。

本市地形略呈方形，东西丘陵台地，中部低洼，形成狭长谷地，谷地西有同源圳，与东侧贯穿南北之猫罗溪构成辖内沟渠纵横，而为南投市水网基础。

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