自1988年建区以来，南京高新区始终坚持“发展高科技，实现产业化”的办区宗旨，大力发展具有自主智慧财产权的高新技术产业，初步形成了软体及电子信息、生物医药、卫星导航套用等主导、特色产业集群

南京软体园承担着高新区软体及电子信息产业的建设与发展，规划面积约20平方公里，重点发展通信导航信息安全、电力自动化及智慧型交通、移动网际网路服务、电子商务、软体和信息服务外包、IC设计和文化创意产业，并着力发展三网融合、云计算、物联网等产业。目前已拥有软体企业500余家，其中双软认定企业170家，收入超亿元企业50家，2013年软体产业收入432亿元。焦点科技的中国製造网、特捷交通的电子客票服务系统等软体企业已成为高新区软体企业的特色亮点代表。

南京生物医药谷规划面积10平方公里，其中研发区3平方公里，生产区7平方公里。拥有绿叶思科、健友生化、微创医药科技等生物医药企业近200家，2013年产值超过50亿元。建有专业研发孵化大楼、中试区、生物医药专业技术平台、动物实验中心等，符合生物医药企业研发和孵化需求。从事高端研发生产的生物医药企业。园区拥有国家遗传工程小鼠资源库、国家中药饮片质量标準研究中心、国家林化所生物化学中心、国家生化工程技术研究中心、药物安全评价中心等5个国家级研究中心，有江苏省基因药物研发中心等8个省部级研究中心。中丹生态生命科学园是一个致力于发展节能环保、生物技术、医药研发、医疗器械、服务外包等生命科学领域产业的专业园区。规划占地面积约300亩，总建筑面积约30万平方米，着力引进丹麦及北欧节能环保、生物技术等生命科学领域等高端企业，目前中丹园一期9.5万平方米的大楼已建成并将于年底交付使用，中丹园二期也将于明年8月建成，準备通过3年的努力将中丹生态生命科学园打造成为国际化的绿色生态示範工程。

北斗卫星导航产业基地目前拥有卫星导航套用产业企业50余家，已建成北斗位置网中心、北斗产业展示中心、北斗产品检测认证中心等多个服务平台。规划面积4.2平方公里，其中3.7平方公里北斗产业製造区，以终端设备製造为主，重点引入晶片及元器件製造、精密定位终端、卫星通讯设备、导航设备终端生产及产业链相关企业，0.5平方公里建设北斗产业研发运营区，以研发、检测、认证和运营服务为主要功能。研发区内重点项目载体北斗大厦总建筑面积约20万平方米。其中一期3万平方米已建成投入使用，入驻20多家卫星套用企业。

建区以来，南京高新区始终坚持走“高”、“新”之路，是南京高校技术企业最密集的地区之一。拥有企业近2000家，经济总量在国家级高新区中位居前列，是江苏省南京市最具活力的经济成长点。先后荣获全国火炬计画先进管理奖、建设新南京有功单位、南京市精神文明建设先进集体等荣誉称号。

园区拥有江苏首创的南京软体园、南京生物医药谷，江苏最早获批的国家级动画产业基地，全国第一个中国南京留学生创业园。园区注册企业中绝大多数为科技型企业，70%以上拥有自主智慧财产权。2011年，园区高新技术产业产值实现980亿元，占规模以上工业总产值76.8%。

南京高新区作为全市实施创新驱动战略的主战场，致力于构筑产学研一体的科技创新体系，形成以扶持自主智慧财产权为导向的政策体系和以人为本的创新创业环境。现有国家级孵化器3家，累计孵化企业千余家，毕业企业400余家。

经过十多年的发展，高新区已发展成为南京市支柱产业；是电子信息和生物工程与医药产业的基地，并且成为航空航天和新材料等产业的聚集地。南京软体园、南京医药与生物工程科技园和半导体科技工业园，代表了南京高新区最新的发展特色。全区拥有高新技术企业190家，占南京市全市高新技术企业总数的40%，是全市高新技术企业最密集的地区。且90%以上的产品和技术具有自主智慧财产权，列入国家“863”计画、火炬计画的高科技项目近30项,并已初步发展成为集研发创新、孵化创业和高新技术企业群体为一体的，“产学研”紧密结合的江苏省技术创新基地。

呼应沿江大开发、做大做强高新区，南京高新区正在加快新区-泰山园区的建设。泰山园区位于高新区建成区的南侧，紧邻南京长江大桥，规划面积8.18平方公里。道路、水电等基础设施建设正全面展开，一批进区项目已开工建设，新区将以全新的面貌迎接海内外客商。

根据规划，高新区将按照依靠做优促进做大，通过做特带动做强的发展思路，继续坚持发展高科技、实现产业化的宗旨，以技术创新为先导，以建设国内一流的高新技术产业化和研发基地为目标，加快建设，加快发展，争取在5到10年时间把南京高新区发展到50平方公里的规模。届时，一座科技新城将随着南京江北新区崛起而崛起，南京高新区也将与海内外科技精英和有识之士携手发展，共享自然之美，同创事业辉煌。

截至2018年底，境内过江通道有南京长江大桥、南京捷运3号线、浦仪公路-和燕路过江通道（在建）。

截至2018年底，境内有2条捷运线路。

南京捷运3号线，贯穿境内，途径浦口区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，线路北起江北新区的林场站，下穿长江进入江南主城一路南下，进入东山副城，南至秣周东路站。

南京捷运S8号线（宁天线）贯穿境内，沿大桥北路、泰冯路、江北大道和金江公路，经过桥北、沿江、大厂、六合，南起泰山新村，北至金牛湖站，线路总长45.2千米；共设定17座车站，其中地下站6座，高架站11座。