1956年9月，经中共江苏省委文化教育部批准，《南京农学院学报》创刊，时为年刊，后因故停刊。

1980年7月，经中华人民共和国农业部批准，《南京农学院学报》复刊。

1985年，随着南京农学院更名为南京农业大学，《南京农学院学报》也更名为《南京农业大学学报》。

1956年9月，《南京农业大学学报》创刊，曾用刊名《南京农学院学报》。

据中国知网收录信息显示，1981年《南京农业大学学报》由半年刊变更为季刊。

2007年1月18日，《南京农业大学学报》第七届编辑委员会第一次会议在南京农业大学召开。

2008年12月30日，《南京农业大学学报》第七届编辑委员会第二次会议在南京农业大学召开。

2010年，《南京农业大学学报》由季刊改为双月刊。

2012年1月6日，《南京农业大学学报》第八届编辑委员会第一次会议在南京农业大学召开。

2014年12月，该刊成为中国国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

2017年1月，为进一步扩大宣传力度，《南京农业大学学报》正式开通微信公众平台。

2018年3月15日，《南京农业大学学报》第九届编辑委员会第一次会议在南京农业大学召开。

《南京农业大学学报》主要刊登农业科学、植物保护、园艺科学、动物科学、动物医学、生物技术与工程、资源与环境科学、食品科学与技术、农业化学、农业工程等学科具有创新性的研究论文、综述和研究简报。

《南京农业大学学报》主要设有农业科学、植物保护、园艺科学、动物科学、动物医学、生物技术与工程、资源与环境科学、食品科学与技术、农业化学、农业工程等栏目。

据2018年11月《南京农业大学学报》官网显示，《南京农业大学学报》第九届编辑委员会（2018年—2023年）共有顾问2人、编委52人。

《南京农业大学学报》的主办单位是南京农业大学，据2018年11月南京农业大学图书馆官网显示，南京农业大学图书馆有馆藏纸质书刊235.4万册，电子图书1500余万册，电子西文期刊13800种，电子中文期刊15200种，中国国内外资料库120种，自建特色资料库6个。

据2018年11月16日中国知网显示，《南京农业大学学报》出版文献共4676篇。

据2018年11月16日万方数据知识服务平台显示，《南京农业大学学报》载文量为2518篇。

截至2016年第5期，《南京农业大学学报》共出版文献39卷、166期。

据2018年11月16日中国知网显示，《南京农业大学学报》总被下载823247次、总被引20832次；（2018版）複合影响因子为1.354、（2018版）综合影响因子为1.000。

据2018年11月16日万方数据知识服务平台显示，《南京农业大学学报》被引量为32684、下载量为94360；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《南京农业大学学报》影响因子为1.402，在全部统计源期刊（6735种）中排第1174名，大学学报（农业科学）（39种）中排第8名。

据2017年《中国学术期刊影响因子年报》的统计结果显示，《南京农业大学学报》影响因子为1.133，比2016年增加了14.48 %，他引总引比为0.96，基金论文比0.97，总被引频次为4 396，WEB下载量为8.32万次。影响因子在学科96种期刊中排第11名，位于Q1区；期刊影响力指数（CI）在学科96种期刊中排第12位。

据2015年中国科学技术信息研究所发布的《中国科技期刊引证报告（核心版）》的统计结果，《南京农业大学学报》核心影响因子为1.056，较去年上升0.263；核心总被引频次为1655，比去年增加228次；综合评价总分在1989种期刊中排在第141位，排名比去年上升109位。另据2015—2016年中国科学引文资料库（CSCD）核心库引证报告显示，《南京农业大学学报》位于农业科学的Q1区。

据2011年中国学术期刊影响因子年报统计结果显示，《南京农业大学学报》影响因子为1.323。据中国科学技术信息研究所2011年版《中国科技期刊引证报告（核心版）》的统计结果显示，《南京农业大学学报》各项学术指标综合排名在1998种统计源期刊中排第81位。

据2008年《中国科技期刊引证报告（核心版）》收录的1765种中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）的统计结果显示，《南京农业大学学报》影响因子为0.693（上一年是0.641），在全部1765种期刊中列第302位；总被引频次1208，在全部1765种期刊中列第292位；他引率0.95；基金论文比0.87；学科影响指标0.92。

据2018年11月《南京农业大学学报》官网显示，《南京农业大学学报》是中国科技论文统计源期刊（CJCR），被《中文核心期刊要目总览（2011年版、2014年版）》、中国科学引文资料库（核心库）（CSCD）、中国科技期刊精品资料库、《中国学术期刊评价研究报告》（RCCSE）、中国学术期刊综合评价资料库（CAJCED）、中国期刊全文资料库（CJFD）、中国科学引文索引（CSCI）、《中国学术期刊文摘》（英文版）、《中国生物学文摘》、美国《化学文摘》（CA）、美国《史蒂芬斯全文资料库》（Eh EBSCO host）、美国《剑桥科学文摘（自然科学）》（CSA）、美国《乌利希期刊指南（网路版）》（Ulrichsweb）、英国《 国际农业与生物科学中心》资料库（CABI）、英国《动物学记录》（ZR）、俄罗斯《文摘杂誌》（AJ）、波兰《哥白尼索引》（IC）、日本科学技术振兴机构文献资料库（JST）收录。

《南京农业大学学报》刊徽呈圆形，背景为白色。外环上方为刊名中文，下方为刊名英文。内环周围是两串颗粒饱满的禾穗，中间的NAU是南京农业大学的英文简称，XB是学报的汉语拼音首字母，Since1958是学报的创刊年份

《南京农业大学学报》以推进农业和生命科学发展为宗旨，以服务农业科研和教学为己任，反映中国农业科学研究的最新进展，追求真理、交流学术。