清光绪三十三年（1907年），孙绍云等三位乡绅创设了“崇文学堂”，校址为清代江宁府署箭道、西花园旧址，为南京市第一中学的前身。不久，思益学校（1903年创办）併入。

民国16年（1927年），学校更名为“首都中区实验学校”，蔡元培先生题写“开校纪念”碑铭，学校成为南京市第一所公办中学。

民国22年（1933年），学校更名为南京市立第一中学。

民国26年（1937年），抗日战争全面爆发，学校部分师生西迁，与苏浙皖入蜀师生联合成立国立二中。

民国34年（1945年），学校于原址复校。

1949年新中国成立后，学校更名为南京市第一中学。

1953年，南京市第一中学被评为江苏省首批重点中学。

1998年，学校正式推行“中学导师制”。

2000年，学校获评为中国国家级示範高中、江苏省模範学校。

2004年，学校获评为首批江苏省四星级高中。

2017年11月，学校被评为中国全国文明校园。

截至2014年1月，南京市第一中学占地面积3.2万余平方米，绿化面积1.2万余平方米，绿地率达28%，绿化覆盖率为37.5%。

据2018年11月中国教育网信息显示，南京市第一中学共49个教学班，在校学生2500余人。

截至2018年1月，南京市第一中学设有校史馆、档案室、心理谘询室、医务室、行政楼、图书馆、音乐厅、天象厅、体育馆、学校食堂、学生宿舍。其中，校史馆建筑面积约1750平方米，占地面积约600平方米，展示开放面积约1400平方米；音乐厅建筑面积244平方米，座位123个，舞台面积约100平方米；天象厅拥有不同光学系统的天文望远镜、日珥镜以及天文观测CCD等设备资源，为学生进行天文观测、探索宇宙奥秘提供条件；学校食堂共有3个餐厅，约1000个餐位；学生宿舍共有四层，男女生各两层，总计280个床位，设有空调、共用开水器、淋浴房、卫生间等公共实施。

据2018年11月中国教育网信息显示，南京市第一中学共有教职工230人，其中，高级教师76人，省特级教师16人，省正高级教师7人，省“333” 工程培养对象5人，省教学名师1人。

2018年，南京市第一中学参加高考人数538人，本一达线人数482人（含体育、艺术、出国留学等），本二达线率近100%。

2017年，南京市第一中学参加高考人数518人，本一达线率84.7%，本二达线率近100%。

2016年，南京市第一中学参加高考人数454人，本一达线人数319人，达线率70.26%，本二达线人数446人，达线率98.24%。

2015年，南京市第一中学本二硬达线人数496人（不含提前录取、出国留学等），本二达线率位居南京市第三名。

2014年，南京市第一中学本二达线率为94.2%。

2013年，南京市第一中学本一达线率61.29%，本二达线人数506人，达线率89.65%。

2011年，南京市第一中学本一达线率为59.27%，本二达线率为87.82%。

2011年，南京市第一中学本一达线率为60.03%，本二达线率为88.57%。

2010年，南京市第一中学本一达线率为62.76%，本二达线率为87.79%。

南京市第一中学校徽最初版本由李清悚校长于1927年主持设计完成，由一中、圆、倒三角形三部分构成。倒三角形的三只角分别代表“智、仁、勇”，“智、仁、勇”是民国时期孙中山先生提出的军人精神三要素，也是儒家提倡的立足天下的三种德行。校徽设计凸现了南京一中围绕“智、仁、勇”的育人目标，践行儒家“好学近乎智，力行近乎仁，知耻近乎勇”的修身思想。

南京一中校徽

南京市第一中学新版校徽将倒三角形套有圆环的封闭结构变为圆环内接开放三角形，将倒三角形下移突破外围圆环束缚，寓示着南京一中将以更加开放的心态、创新的勇气继承传统，崇文以致远，求真而创新，培育人格健全、具有创新素养的现代公民。新校徽将钢性三角形与柔性的圆环完美结合，凸现了学校人文关怀、刚柔相济、构建和谐校园的管理理念。新校徽以圆形为基本造型，主体部分，中部“南京一中”字型集自赵朴初先生题写的校名，上部裱托粗犷刚劲的英文字型，下部的数字“1907.11.1”是建校时间；三者浑然一体，寓意一中悠久的历史传统与现代文明一脉相承，本土与国际融合相通。外围部分，橄榄叶组成的圆圈是公平、和平、文化和教育的永恆象徵，群星圆圈代表南京一中培育的数以万计的优秀学子。新校徽以深蓝为底色，配以金色，色彩大方稳重。深蓝色代表浓重的历史沉澱，浩瀚如宇宙，包罗万象；深沉如大海，海纳百川。金色象徵阳光，寓意莘莘学子朝气蓬勃、奋发向上，二者相配，庄重典雅，反映百年一中的特有气质。

求真

大哉古都秀毓淮钟，

巍巍该校石城之中。

乐群敬业，朝气葱茏，

涵三德兮智仁与勇。

做生活兮泄泄融融。

啊～啊～愿春风广被兮天下为公。

啊～啊～愿春风广被兮天下为公。